ÜYE OL ÜYE GİRİŞ
ÜYE OLUN / GİRİŞ YAPIN
RxMediaPharma
PHC

NGS'de Füzyonları Tespit Etmek

YALNIZCA DUYARLILIĞI VE ÖZGÜLLÜĞÜ YÜKSEK


TESTLERLE, NTRK ve ROS1 GEN FÜZYONLARI


GÜVENİLİR BİR ŞEKİLDE SAPTANABİLİR1-3

  • Gen füzyonlarının saptanması için pek çok moleküler test bulunmaktadır ancak bazıları diğerlerinden daha özgüldür1,2,4-10
  • Yeni nesil sekanslama (NGS) tüm gen füzyonlarının test edilmesi için gerekli olan yüksek duyarlılık, doğruluk ve hacme sahiptir9-16

NTRK ve ROS1 füzyonu saptanması için yöntemler17

NTRK ve ROS1 füzyonu saptanması test sonuçlarını görmek için her yöntemi genişletin:

  Yöntem Duyarlılık/Özgüllük Partnerin
saptanması
Ekspresyonun
saptanması
Tarama Tüm NTRK
füzyon
genlerinin
saptanması
ROS1
geninin saptanması

IHK

(İmmünohistokimya)

Yüksek/Orta veya Yüksek Hayır Evet Evet Yalnızca bir tarama aracı olarak Yalnızca bir tarama aracı olarak
 

NTRK & ROS1 füzyonları için sonuçlar

  • Yalnızca tarama aracı
  • NTRK aşırı ekspresyonu ve ROS1 protein ekspresyonunu tanımlayabilir ama füzyonlar için ayrı ayrı doğrulama testi gerektirir
  • Hızlı ve pahalı değil (eğer negatif sonuçsa)

FISH

(DNA fluorescence in situ hybridisation)

Yüksek/Yüksek Hayır Hayır Hayır

Evet -
her probda bir tane*

Evet
 

NTRK & ROS1 füzyonları için sonuçlar

  • Füzyon olaylarını tanımlayabilir ancak tam füzyon kırılma noktasını tanımlayamaz
  • Multipleksleme yapılamaz – üç NTRK füzyon geninin tümü için üç ayrı test uygulanması gerekir
  • ROS1 füzyonlarının saptanması için kılavuzlar tarafından onaylı teknoloji (CAP, IASLC, AMP)

RT-PCR

(Ters transkriptaz polimeraz zincir reaksiyonu)

Yüksek/Yüksek Sınırlı
Evet Hayır Evet* Evet
 

NTRK & ROS1 füzyonları için sonuçlar

  • PCR probları tarafından hedef alınan füzyon partnerlerini ve füzyon olaylarını sınırlı sayıda saptayabilir
  • Tipik olarak, hotspot kırılma noktalarında bilinen füzyon partnerleri için test
  • NTRK füzyonları, çoğu yeni olan, fazla sayıda genetik partner içerir
  • ROS1 füzyonları için mantıklı seçenek (CD74-ROS1, KHDAK'de ağırlıklı füzyondur)

RNA-seq NGS

(RNA sekanslama yeni nesil sekanslama)

Yüksek/Yüksek Evet Evet Evet Evet Evet
 

NTRK & ROS1 füzyonları için sonuçlar

  • Yüksek multipleksleme yeteneği
  • Yüksek güvenilirlikli
  • Çoklu gen ve partnerler arasında tam kırılma noktaları ile füzyon olaylarını tanımlayabilir
  • Yeni füzyon partnerlerini tanımlayabilir

DNA-seq NGS

(RNA sekanslama yeni nesil sekanslama)

Orta/Yüksek Evet Hayır Evet Evet Evet
 

NTRK & ROS1 füzyonları için sonuçlar

  • Yüksek multipleksleme yeteneği
  • Ekspresyonu saptayamaz
  • Füzyonları ve diğer işlenebilir değişiklikleri tanımlayabilir
  • Yeni füzyon partnerlerini tanımlayabilir

*Özel problar ile FISH veya RT-PCR analizleri, bilinen bir NTRK genini içeren yeniden düzenlemeleri saptamak için düşünülebilir.

† Kullanımı, birçok ROS1 füzyon partneri varlığı ve iyi kalite RNA elde etmedeki güçlükler ile sınırlanabilir.

Doğru seçilmiş moleküler test gen füzyonlarının açığa çıkarılmasında yardımcı olabilir.4,5,18 Her hasta için en uygun test uzman patologlar tarafından belirlenir.

Referanslar

  1. Su D, et al. J Exp Clin Cancer Res 2017;36:1–12.
  2. Hechtman JF, et al. Am J Surg Pathol 2016;41:1547–1551.
  3. Kumar-Sinha C, Kalyana-Sundaram S, Chinnaiyan AM. Genome Med 2015;7:1–18.
  4. Vaishnavi A, et al. Cancer Discov 2015;5:25–34.
  5. Murphy DA, et al. Appl Immunohistochem Mol Morphol 2017;25:513–523.
  6. Stack EC, et al. Methods 2014;70:46–58.
  7. Knezevich SR, et al. Nat Genet 1998;18:184–187.
  8. Naidoo J, Drilon A. Am J Hematol Onco 2014;10:4–11.
  9. International Association for the Study of Lung Cancer. IASLC Atlas of ALK and ROS1 Testing in Lung Cancer. Available at: https://www.iaslc.org/sites/default/files/wysiwyg-assets/alk-ros1_atlas_lowres.pdf (Accessed April 2019).
  10. Shan L, et al. PLoS One 2015;10:e0120422.
  11. Bubendorf L, et al. Virchows Arch 2016;469:489–503.
  12. Cao B, et al. Onco Targets Ther 2016;31:131–138.
  13. National Comprehensive Cancer Network. NCCN Clinical Practice Guidelines in Oncology (NCCN Guidelines). Non-Small Cell Lung Cancer. V.5.2018, 2018. Available at: www.nccn.org/professionals/physician_gls/recently_updated.aspx (Accessed April 2019).
  14. Zheng Z, et al. Nat Med 2014;20:1479–1484.
  15. Drilon A, et al. Clin Cancer Res 2015;21:3631–3639.
  16. Grada A, Weinbrecht K. J Invest Dermatol 2013;133:e11.
  17. Reis-Filho JS. Detecting MSI and TRK fusion using NGS: ESMO recommendations (2018). Presented at ESMO Congress 2018. NTRK Testing Guidance (adjusted from ESMO proposal).
  18. Rogers TM, et al. Sci Rep 2017;7:1–8.