İleri Kolorektal Kanserli Hastalarda NGS Tabanlı Onkojenik Mutasyon Analizi

Kansere yol açan genetik değişikliklerin karakterizasyonunun bu hastaların hedefe yönelik tedavisinin sonuçlarını tahmin etmede önemli olduğu günümüzde bilinmektedir. Öte yandan bu alanda hala daha fazla kanıt oluşturulmasına ihtiyaç vardır.

Bir grup araştırmacı, kişiselleştirilmiş bir anti-EGFR tedavisi sağlamak için 526 kolorektal kanserli (CRC) hastanın mutasyon profilini yeni nesil sekanslama (NGS) ile değerlendirmeyi amaçladılar. Yapılan çalışmada, NGS platformunu kullanarak 22 kanserle ilişkili genin 507 sıcak nokta (hot spot) mutasyonu sistematik olarak saptandı ve onkojenik mutasyonların klinikopatolojik özellikleri ve anti-EGFR yanıtı ile korelasyonu araştırıldı. Çin Tıp Bilimleri Akademisinde (CAMS), Anti-EGFR tedavisi alan hastalar için, Solid Tümörlerde Yanıt Değerlendirme Kriterleri'ne göre bilgisayarlı tomografi taraması ile klinik yanıt değerlendirilmesi yapıldı (RECIST, sürüm 1.1).

Çalışmadaki panel KRAS, NRAS, BRAF, PIK3CA, EGFR, AKT1, ERBB2, PTEN, STK11, MAP2K1, ALK, DDR2, CTNNB1, MET, TP53, SMAD4, FBXW7, FGFR3, NOTCH1, ERBB4, FGFR1 ve FGFR2 dahil 22 kansere bağlı gende 507 sıcak nokta mutasyonunu saptamak üzere kullanıldı. Toplanan 526 KRK hastasından 316'sı erkek, 210'u kadındı ve ortalama yaş 57 idi. Uzak metastazı olan 238 hastada (%45,2) karaciğer metastazı, 113 hastada (%21,5) akciğer metastazı ve 98 hastada (%19,2) diğer metastazlar (periton, kemik, uterus, yumurtalık, adrenal bez vb.) %18,6) tespit edildi. En sık görülen mutasyonlar sırasıyla; TP53 (%56,7), KRAS (%48,1), PIK3CA (%9,3), FBXW7 (%5,5), SMAD4 (%4,4), NRAS (%4,4), BRAF (%3,6), AKT1 (%1,7), CTNNB1 (%1,0), PTEN (%0,8), EGFR (%0,6), ERBB4 (%0,2), FGFR1 (%0,2) mutasyonları olarak bulundu. Ancak, bu hasta grubunda dokuz gen ile ilişkili (MAP2K1, NOTCH1, STK11, FGFR2, FGFR3, DDR2, MET, ALK ve ERBB2) herhangi bir somatik mutasyon bulunamadı. 526 (%56,7) tümörün 298’inin KRAS, NRAS, BRAF veya PIK3CA'da mutasyonlarını barındırdığı tespit edildi. KRAS, NRAS, BRAF ve PIK3CA'da eşlik eden mutasyonlar, 298 tümörün 49'unda (%16,4) tespit edildi. İki farklı KRAS mutasyonuna sahip 3 tümör, KRAS mutasyonuna ve BRAF mutasyonuna sahip 3 tümör, KRAS mutasyonuna ve bir PIK3CA mutasyonuna sahip 35 tümör, bir NRAS mutasyonuna ve bir PIK3CA mutasyonuna sahip 3 tümör, BRAF'e ve PIK3CA mutasyonuna sahip 4 tümör, bir KRAS mutasyonu ve iki PIK3CA mutasyonu olan 1 tümör vardı.

Eşlik eden mutasyonlara sahip tümörlerde PIK3CA mutant alel frekansları ile KRAS, NRAS veya BRAF mutant alel frekansları arasında orta düzeyde bir ilişki vardı (r = 0.55, P <0.01) . KRAS ve PIK3CA mutasyonları, KRAS kodon 12 mutasyonlu 159 (%29) tümörün 29'unda gözlendi. KRAS mutasyonlarının sıklığı özellikle ileri yaştaki sağ tarafta kolon veya rektum kanseri bulunan ve akciğer metastazı olan hastalarda anlamlı olarak daha yüksekti. PIK3CA mutasyonlarının sağ taraflı kolon kanseri olan hastalarda ortaya çıkması ise daha olasıydı. 179 RAS doğal tip mKRK hastasının 56'sı (%31,3) hastaya anti-EGFR antikoru setuksimab kemoterapiyle birlikte verildi. Klinik cevap 54 mKRK hastasında değerlendirildi. PR 24 (%44,4) hastada gözlendi ve 17/24 (%70,8) hastada en az 6 ay boyunca yanıt alındı. 22 hastanın hepsinde vahşi tip olarak tanımlanan 22 gen tespit edilirken, 1-2 gende mutasyon tespit edilen 32 hasta vardı.

NGS ile Hedefe Yönelik Tedavinin Başarısı Ön Görülebiliyor

Sonuçlar, tespit edilen tüm vahşi tip 22 gen mutasyonuna sahip hastaların PFS’lerinin 9,9 (%95 CI 5.8–12.8) ay olduğunu gösterdi. Bu süre herhangi bir mutasyonu olan hastalardaki 5,8 aylık(%95 CI 4.4-7.4) süreden belirgin derecede daha uzundu. Çalışmada BRAF mutasyon olan hasta oranı %3.6 idi. Bu oran, batılı popülasyonlarda bildirilen oranlara göre daha düşüktü. Böylelikle Çin KRK hastalarında BRAF mutasyonunun daha az yaygın olduğu araştırmacılar tarafından ortaya koyulmuş oldu.

BRAF mutasyonundaki ırksal farklılıklar aynı zamanda evre III KRK hastalarında Yoon tarafından da kanıtlanmıştır. Önceki gözlemler PIK3CA mutasyonlarının KRAS mutasyonları ile belirgin bir şekilde ilişkili olduğunu göstermiştir. Araştırmarcılar, PIK3CA kanserin ilerlemesini arttırmak için BRAF veya KRAS mutasyonlarının ile birlikte çalışıyor olabileceğini düşünüyorlar.

Çalışmada ayrıca, PIK3CA mutasyonlarının mutasyona uğramış allel frekanslarının, KRAS, NRAS ve BRAF mutasyonlarının mutant alel frekansları ile anlamlı şekilde korele olduğu ortaya kondu. Bu da eşlik eden PIK3CA ve RAS / BRAF mutasyonlarının genellikle aynı tümör popülasyonunda meydana geldiğini ortaya çıkardı. Akciğer kanserinde yapılan önceki bir çalışma ile uyumlu olarak , BRAF kinaz bozukluğu mutasyonlarının genellikle KRAS mutasyonları ile birlikte olduğu, ancak PIK3CA mutasyonlarının olmadığı da tespit edildi.

Araştırmacı ekibe göre çalışmalarındaki başlıca kısıtlamalardan birisi, anti-EGFR tedavisi alan sadece 56 hastayla sınırlı olması olduğunu belirttiler ve sonuçlarının doğrulanması için daha büyük örneklemli çalışmalara ihtiyaç duyulduğunu aktardılar.

Sonuç olarak bu çalışmada NGS tarafından tespit edilen kanserle ilişkili 22 vahşi tip genin hepsinde setuksimab tedavisinin daha iyi bir sonuc verdiğiyle ilişkili sonuçlar elde edildi. Bilim insanları, mutasyon paternlerinin NGS ile belirlenmesinin, KRK'nin moleküler mekanizmalarının anlaşılmasına ve hedefli tedavi tahmininin iyileştirilmesine yardımcı olabileceğini ileri sürdüler.