Yandex Metrica
MENÜ
arama yap

Kanser hücrelerini normal hücrelerden ayrıştırmada yeni bir yöntem: Şeker molekülüne dayanan MRI

27 Mart 2015

Hücreler kanserli hale geldikçe, dış membranlarındaki bazı proteinler şeker moleküllerini kaybeder ve muhtemelen birbirlerine daha fazla yakınlaştıkları için daha az yapışkan duruma gelirler. Mamogramlar veya CT (bilgisayarlı tomografi) gibi görüntüleme testleri tümörleri tespit edebilir ancak bir kitlenin kanser olup olmadığını anlamak için hücreleri doğrudan incelemek amacıyla genellikle biyopsi yapılması gerekir. 

Johns Hopkins Üniversitesi Tıp Fakültesi, Hücre Mühendisliği Enstitüsünde yapılan bir çalışma ile ilk kez bilim adamları hücresel müsinin görüntülenmesinden bir fayda elde etmişlerdir. MR görüntülemesini belirli bir proteine bağlanmış şekerleri saptayacak şekilde ayarlandığında, normal ve kanserli hücreler arasındaki farkı tespit edebilir duruma gelebilir. Johns Hopkins çalışmasının sonuçları MR görüntülemesinin, kanserli hücrelerin dış membranlarından ayrılan indikatör şeker moleküllerini invazif olmayan şekilde saptayarak bir gün biyopsileri daha etkin hale getirebileceğini ve hatta tamamen onların yerini alabileceğini ortaya koyuyor.

Literatür talep et

Referanslar :

Kaynak: Hopkins Medicine, http://www.hopkinsmedicine.org/news/media/releases/mri_based_on_a_sugar_molecule_can_tell_cancerous_from_noncancerous_cellshttp://www.sciencedaily.com/releases/2015/02/150218122949.htm

Kişiye Özel Kanser Tanısında ‘’Dijital Patoloji’’

25 Haziran 2019

Modern patoloji, histoloji slaytlarının otomatik taranması ve görüntülenmesi ile birlikte dijital bir iş akışına doğru ilerlemektedir. Bu dijitalleşme süreci, patoloji uzmanlarının özel yazılım araçlarını kullanarak özelikle tedaviye yön veren biyobelirteç analizlerini standart hale getirmenin yanı sıra oluşturulan verilerdeki öznelliği ve değişkenliği en aza indirmek açısından büyük önem taşımaktadır.

Görüntü analiz araçları, onkoloji ve immüno-onkolojiden, kardiyoloji ve hepatolojiye, nörolojik bilimlere kadar çeşitli disiplinlerde yaygın olarak kullanılmaktadır. Preparat tarama kolaylığı ve vakaların paylaşılması (diğer patoloji uzmanlarına danışmak veya disiplinler arası araştırma ekipleri arasında işbirliği yapmak), sürecin standart hale getirilmesi, arşivlenmiş dijital preparatların oluşturulması ve karmaşık verilerin özel yazılımlarla yeniden düzenlenmesi dahil olmak üzere dijital bir iş akışına geçmenin bir çok avantajı vardır.

Dijital patoloji, immunohistokimya yöntemi ile kullanıldığında protein ekspresyon miktarının belirlenmesini destekler. Örneğin, invaziv meme kanseri için, College of American Pathologists (CAP) kılavuzunda tedaviye yön veren östrojen reseptörü (ER) ve progesteron reseptörü (PR) pozitif boyanan hücrelerin yüzdesinin ve yoğunluğunun bildirilmesi ifade edilmektedir. Benzer şekilde, hücre zarında ifade edilen bir protein olan HER2'nin ekspresyonu bir çok farklı dokuda tedavi akışını ve prognozu doğrudan yönlendirebilmektedir. PD-L1 ekspresyonu, immünoterapi tedavisi için uygunluk durumunu belirleyen bir membran proteinidir ve boyama yoğunluğuna, boyamanın mekansal dağılımına ve dokudaki boyanma prevalansına göre yorumlanması önerilmektedir. Bu boyama paternlerinin karakterize edilmesinde rutin görüntü analizi uygulamaları kullanılabilmektedir.

Patoloji uzmanları, dijital patoloji ve doku görüntü analizine ilişkin genel iş akışında elde edilen verilerin değerinin ve kalitesinin sağlanmasında önemli bir rol oynamaktadır. Bir patoloji uzmanının bu iş akışına getirdiği değer biyoloji, histoloji, patoloji, patofizyoloji, biyobelirteç ekspresyonu, karşılaştırmalı anatomi alanlarındaki uzmanlığının yanı sıra büyük ölçüde dokunun işlenmesine, fiksasyonuna, prosesine ve boyanmasına ilişkin teknik bilgiler de içermektedir.

Literatür talep et

Referanslar :

Aeffner F, Zarella MD, Buchbinder N, Bui MM, Goodman MR, Hartman DJ, et al. Introduction to digital image analysis in whole-slide imaging: A white paper from the digital pathology association. J Pathol Inform 2019;10:9.

Primeri Bilinmeyen Kanserlerde Dolaşımdaki DNA’dan Mutasyon Analizi

21 Haziran 2019

Primeri bilinmeyen (CUP) kanserli hastaların üçte ikisinden fazlasında dolaşımdaki tümör DNA (ct-DNA) testi veya sıvı biyopsi sonuçlarında mutasyonlar bulunur. İngiltere’deki araştırmacılar, bu hastalar için, ct-DNA testlerinin tedavilerini değiştirebileceğini ve sonuçlarını iyileştirebileceğini düşünerek yaptıkları çalışmanın bulgularını Avrupa Tıbbi Onkoloji Derneği (ESMO) 2018 Kongresi'nde sundular. Çalışmaya CUP'li 25 hasta dahil edildi. Primer hastalık alanları hastalar arasında değişiyordu. Bazı hastalar daha önce bir gen panelindeki genetik varyasyonları değerlendiren Guardant360 (G360; Guardant Health) ct-DNA testi ile incelenmişti. Sonuçlar, tümörlerin %68'inin, hedefe yönelik tedavilerle potansiyel olarak tedavi edilebilen mutasyonlar taşıdığını gösterdi. İki hasta için, bulgular sonucunda tedaviler değiştirildi.

Sarah Cannon Araştırma Enstitüsü'nden Dr. PhD, Kai Keen Shiu, klinisyenlerin bir CUP hastası ile karşılaştıklarında yapması gereken ilk şeyin mutasyon analizi olduğunu ve hastanın gerçekten de CUP olup olmadığını tespit etmek olduğunu ifade etti. "Bir CUP ile karşı karşıya olduğunuzu düşünseniz bile, sıra dışı bir meme kanseri, akciğer kanseri, GI kanseri gibi yaygın bir kanser olma olasılığı daha yüksektir." diyerek sözlerine devam etti. “Bunu düşünürseniz, yetişkin kanserlerimizin çoğunda hedefe yönelik tedaviyi kullanmak için zaten kullandığımız genetik değişiklikler var. Öyleyse neden CUP popülasyonu farklı olsun ki? Genellikle, farklılaşmamış bu CUP'ların yüksek mutasyon yükü olduğunu biliyoruz ve bu nedenle, eğer çok fazla mutasyonunuz varsa o zaman hedefe yönelik tedaviye ve immünoterapi ile kombinasyona odaklanmalısınız." dedi. CUP hastaları sıklıkla düşük performans skoruna sahiptir ve bu nedenle birçoğu doku biyopsisini tolere edemez. Burada işin içine sıvı biyopsi girmektedir. Shiu, “Tüm genom görünümünü görmek için sıvı biyopsi uygulayabilirsiniz." diyerek bunun hasta için acı verici bir müdahale olmadığını ve talep edilen sonuçları verebildiğini söyledi. Shiu, bu hasta popülasyonunda ct-DNA testinin potansiyelini gösterdiğini, kendisinin ve meslektaşlarının şu anda, CUP'li hastalar için tümörün genetik profillemesine dayanan iki aşamalı bir hedefe yönelik tedavi denemesi yapmayı planladığını söyledi.

Primeri Bilinmeyen Tümörler de Çalışmalara Dahil Edilmeli

İspanya'daki Vall d'Hebron Onkoloji Enstitüsü’nden Rodrigo Dienstmann, çalışmaya dahil olmayan İspanya'nın Barselona'daki Onkoloji Enstitüsü'nün, primeri bilinmeyen kanserlerde bu potansiyel tedavi etkileyeyici süreç yani NGS ile ilk karşılaşmaları olmadığını söyledi. Birincil tümör akciğer kanseriyse genetik test yapmanın daha anlamlı olduğu belirtilirken, baş-boyun ya da pankreas tümöründen şüpheleniliyorsa yararlanımın daha düşük olabileceği irdelendi. Bu gibi durumlarda  tümör patolojisi, immünohistokimya ve klinik semptomların daha değerli olduğunu söyleyen araştırmacılar, genel olarak primeri bilinmeyen kanserlerde NGS kullanımının doğru bir yaklaşım olduğunu, bu sayede tümör mutasyon yükü ve mikro-satellit instabilite hakkında da bilgi sahibi olmalarının mümkün olacağını belirttiler. Ekip, “Tedaviye yön verici hedeflerin varlığının CUP'li hastaların bu tedavi  alanlarındaki klinik denemelere dahil edilmesini desteklediğine” karar verdi.

Literatür talep et

Referanslar :

European Society for Medical Oncology (ESMO) 2018 Congress. Abstract 152P, presented October 20, 2018

Kanser Oluşumunun Önlenmesinde Otofajinin Rolü İlk Kez Aydınlatıldı

19 Haziran 2019

Salk Enstitüsü'nden telomerler ile kanser arasındaki bağlantıyı araştıran bilim insanları, genellikle bir hayatta kalma mekanizması olarak görülen otofajinin aslında hücre ölümünü tetikleyerek kanser başlangıcını önlediğini keşfettiler.

Otofajinin yeni bir tümör baskılama yöntemi olduğunun belirtildiği Nature dergisinde yayınlanan makalede, bu prosesin kanseri önlemek amacıyla baskılanmasının istemsiz de olsa kanseri tetikleyebileceği vurgulandı. Çalışmanın baş yazarı Jan Karlseder, hücrelerin kontrolsüzce çoğalmasını ve kanserleşmesini önleyen pek çok denetim mekanizmasının bulunduğunu, ancak otofajinin bunlardan biri olduğunu görmenin kendilerini şaşırttığını belirtti. Her hücre bölünmesinde telomerler bir miktar kısalır. Telomerler kromozomları etkin biçimde koruyamayacak kadar kısaldığında, hücreler bölünmesini kalıcı olarak durdurmak üzere bir sinyal alır. Ancak kansere yol açan virüsler ya da başka nedenler varlığında bazı hücreler bu mesajı almayarak çoğalmaya devam ederler. Tehlikeli biçimde kısa telomerlerin varlığı, korunmasız kalan kromozomların fonksiyonlarını kaybetmelerine ve hücrenin kriz adı verilen bir duruma girmesine neden olurlar. Karlseder ve ekibi, organizmanın yararına olan bu kontrollü hücre ölümü yolunu daha iyi anlamak üzere yola çıktılar. Çalışmanın yazarlarından Joe Nassour, kriz durumundaki hücrenin ölümünün çoğu araştırmacı tarafından apoptoz yolu ile olduğunun varsayıldığını, ancak programlı hücre ölümünün bir başka yolağı olan otofajinin yeterince araştırılmamış olduğunu vurguladı.

Kriz durumundaki hücrelerin apoptoz ve otofaji yollarından hangisi ile öldüklerini araştırmak için ekip, morfolojik ve biyokimyasal markerları inceledi. Her iki mekanizma da hücre ölümüne yol açarken, otofajinin baskın mekanizma olduğu ve çok daha fazla hücrenin otofaji yolu ile öldüğü ortaya çıktı.

Bir sonraki aşamada, kriz durumundaki hücrelerde otofajinin baskılanması durumunda ne olacağını merak eden araştırmacılar, hücrelerin durmaksızın çoğalmaya devam ettiklerini, bu hücrelerin kromozomlarının hasarlı olduğunu ve kanser hücrelerinde görülen şekilde ağır DNA hasarının mevcut olduğunu gördüler. Bu durum, otofajinin bir erken dönem kanser baskılama mekanizması olduğu düşüncesini doğrulamaktaydı.

Araştırmacılar ayrıca hücrelere spesifik DNA hasarı verildiğinde ne olduğunu gözlediklerinde, kromozomların uç bölgelerinde telomer kaybına yol açan hasar oluştuğunda otofajinin aktive olduğunu, diğer kromozomal bölgelerde DNA hasarı olduğunda ise apoptozun aktive olduğunu farkettiler. Bu da, DNA hasarına bağlı pre-kanseröz hücrelerin yok edilmesinde apoptozun tek mekanizma olmadığını, ayrıca telomerlerle otofaji arasında doğrudan bağlantı olduğunu göstermektedir.

Karlseder, bu çalışmanın oldukça etkileyici olduğunu, zira tamamen yeni bir keşif sunduğunu, otofajinin kriz durumundaki hücre ölümünde ve genetik hasar birikiminin önlenmesinde rolü olduğunu daha önce bilmediklerini belirtirken, bu sonuçların yepyeni bir araştırma alanı yaratacağını sözlerine ekledi.

Literatür talep et

Referanslar :

Joe Nassour, Robert Radford, Adriana Correia, Javier Miralles Fusté, Brigitte Schoell, Anna Jauch, Reuben J. Shaw & Jan Karlseder. Autophagic cell death restricts chromosomal instability during replicative crisis. Nature, 2019

EZH2 Mutasyonu Tümör Büyümesini Nasıl Tetikliyor?

24 Mayıs 2019

Hücre içerisinde DNA, kromatin denilen kompleks 3 boyutlu bir yapının içerisinde proteinler tarafından sarmalanmış biçimde bulunur. Kromatin sadece genetik materyalimizi hasarlara karşı korumakla kalmaz, aynı zamanda gen ekspresyonunu düzenler.

3 boyutlu kromatin yapısının içerisinde “topolojik bağlantı domainleri” (TAD) denilen belirli bölgeler bulunmaktadır. Bu bölgeler birbirleri ile fiziksel olarak etkileşim içerisindeki DNA sekansları bulundurur ve aynı domainlerdeki genlerin birlikte çalıştıkları düşünülmektedir.

EPFL’deki Elisa Oricchio liderliğindeki bilim insanları, belirli bir genin mutasyonunun TAD içerisindeki etkileşimlerin değişmesine yol açtığını keşfettiler. Bu gen EZH2 olarak adlandırılmaktadır ve normalde gen ekspresyonunun ilk aşaması olan gen transkripsiyonunun represyonunda rol oynamaktadır. Aslında EZH2 mutasyonları tümör başlangıcında kilit rol oynamaktadır ve pek çok kanser türünün tanısında kullanılabilir. Bu gendeki mutasyonlar, ilgili genin fonksiyonunu arttırarak tümör hücrelerinin büyümelerine sebep olabilmektedir. Bu çalışmada araştırmacılar EZH2’nin genom boyunca rastgele değil, özellikle belirli TAD bölgelerine yönelik etki gösterdiğini bulmuşlardır.

Mutasyona uğramış EZH2, tüm domainleri kapatır ki bu, normalde tümörleri baskılayan genlerin de kapatılması anlamına gelmektedir. Çalışmada birden fazla genin fonskiyon kaybı, sinerjistik olarak tümör büyümesini hızlandırmıştır. Araştırmacılar bir ilaç yardımı ile mutasyona uğramış EZH2’yi inhibe ettiklerinde, tümör baskılayan genler dahil olmak üzere tüm genlerin fonksiyonlarının normale döndüğünü bulmuşlardır.

Bu çalışma, mutasyona uğramış EZH2 geninin ayrı ayrı genleri değil, tüm kromatin bölgelerini etkileyen ve bu domainlerdeki tümör baskılayıcı genlerin ekspresyonunu ve etkileşimini de değiştirdiğini gösteren ilk çalışmadır. Elisa Oricchio, “Çalışma, hücre çekirdeğindeki genomun 3 boyutlu organizasyonunun ve kanser hücrelerindeki mutasyonların bu organizasyonu tümör büyümesini sağlamak üzere nasıl kullandığını anlamanın önemine dikkat çekmektedir. EZH2’nin onkojenik aktivitesini bloke etmek üzere geliştirilen farmakolojik inhibitörler henüz klinik çalışma aşamasındalar ve bu çalışma da bu ürünlerin terapötik potansiyeli hakkında önemli bilgiler sağlıyor” şeklinde konuştu.

Literatür talep et

Referanslar :

Maria C. Donaldson-Collier, Stephanie Sungalee, Marie Zufferey, Daniele Tavernari, Natalya Katanayeva,

Elena Battistello, Marco Mina, Kyle M. Douglass, Timo Rey, Franck Raynaud, Suliana Manley, Giovanni

Ciriello, Elisa Oricchio. EZH2 oncogenic mutations drive epigenetic, transcriptional, and structural

changes within chromatin domains. Nature Genetics, 2019 DOI: 10.1038/s41588-018-0338-y

Kanser Tedavisinde Adenovirüsler Umut Vaat Ediyor

23 Mayıs 2019

Hokkaido Üniversitesi’ndeki araştırmacıların kanser hücrelerini hedef almak üzere oluşturduğu ve Oncology Reports’da yayınlanan makaleye göre dl355 adı verilen yeni bir virüs, halihazırda tedavide kullanılan virüslerden daha etkin antikanser özelliğe sahiptir.

Moleküler onkolog Fumihiro Higashino ve arkadaşları, bir adenovirüs türünün genetik materyalinden E4orf6 adı verilen ve viral replikasyonda görev alan bir geni sildiler. Ekip daha önce bu genin ARE-mRNA denilen bir mRNA’yı stabilize ederek enfekte hücrelerde viral replikasyonun devamını sağladığını keşfetmişti. ARE-mRNA kanser hücrelerinde stabil biçimde çalışırken normal hücrelerde hızla degrade olmaktaydı. Laboratuvar testlerinde dl355 adını verdikleri modifiye adenovirüsün, normal hücrelere kıyasla kanser hücrelerinde çok daha hızlı replike olduklarını gördüler. Higashino, E4orf6 geninin yokluğunda, virüslerin kanser hücrelerindeki stabil ARE-mRNA’ları kullandığını ifade etti.

Araştırmacılar farklı kanser türlerinden hücre dizilerini hücre başına 100 adet dl355 virüsü ile enfekte ettiklerinde, neredeyse tüm hücrelerin 7 gün içerisinde öldüğünü gördüler. Ancak virüsle enfekte olan sağlıklı hücreler 7 günden sonraki süreçte dahi ölmemişlerdi. dl355 dozu düşük tutulduğunda bazı kanserli hücre serileri hayatta kaldıysa da, doz arttırıldığında tüm kanserli hücrelerin öldüğü görüldü. Fare modellerindeki insan tümör hücrelerinin büyümesi de dl355 uygulandığında büyümeyi anlamlı ölçüde durdurdu.

Araştırmacılar son olarak, dl355’i şu an klinik pratikte kullanılmakta olan dl1520 virüsü ile karşılaştırdılar. dl355’in serviks ve akciğer kanseri de dahil olmak üzere çoğu kanser hücre dizisinde daha yüksek replikasyon oranına ulaştığı ve biri hariç tüm kanser türlerinde daha yüksek antikanser etkinliğe sahip olduğu gözlendi. Her iki virüs de çok az sayıda normal hücre ölümüne sebep oldu.

Bulgular dl355 virüsünün etkin bir kanser tedavi seçeneği olarak umut verdiğini gösterirken, araştırmacılar en az 5 yıl sürecek ileri klinik çalışmalara ihtiyaç duyulduğunu ifade ettiler.

Literatür talep et

Referanslar :

Aya Yanagawa-Matsuda, Yohei Mikawa, Umma Habiba, Tetsuya Kitamura, Motoaki Yasuda, Mohammad Towfik-Alam, Yoshimasa Kitagawa, Kazuyuki Minowa, Masanobu Shindoh, Fumihiro Higashino. Oncolytic potential of an E4-deficient adenovirus that can recognize the stabilization of AU-rich element containing mRNA in cancer cells. Oncology Reports, 2018

Gereksiz Biyopsilerin Önüne Geçecek Yeni Bir Teknik

16 Mayıs 2019

Yeni bir meme görüntü analizi tekniği, gereksiz meme biyopsilerinin, bu sebeple oluşan maliyetlerin ve hasta kaygısının azaltılmasına yardımcı olabilir mi? ABD’de yapılan yeni bir çalışmada elde edilen bulgulara göre bu artık mümkün.

Üç bölmeli meme görüntüleme (3CB) adı verilen teknik, şüpheli bir meme kitlesinin biyolojik doku bileşimini (su, lipid ve protein) belirlemek için kontrastsız çift enerjili mamografi kullanmaktadır. Yapılan çalışmada, çift enerjili mamografi ile şüpheli meme kitlesi olan 109 kadın incelendiğinde, biyopsi sonuçları 35 kitlenin invazif kanser olduğunu ve 74'ünün benign olduğunu gösterdi.

Biyopsiye Gereksinim Oranı Oldukça Azaldı

3CB görüntüler, mamogramlardan türetildi ve görüntülerdeki özellikleri ve kalıpları analiz etmek için yapay zeka algoritmalarını kullanan bir yöntem olan mamografi radyomikleri ile birlikte analiz edildi. 3CB görüntü analizi ve mamografi radyomikleri, radyolog tarafından şüpheli görülen meme kitlelerinde kanseri öngörme yeteneğini geliştirdi.

Kombine yöntem, yalnızca görsel yorum için pozitif prediktif değeri %32'den %49'a yükseltirken, %36 oranında daha az toplam biyopsiye gereksinim duyuldu. 3CB-radiomik yöntemi, %97 duyarlılık oranı ile 35 kanserden sadece birini kaçırdı. Mamografi sonrası şüphe sebebiyle biyopsiye gidilme oranı oldukça yüksek olduğundan, bu sonuçlar oldukça umut vericidir. 3CB görüntü analizini mamografi radyomisi ile birleştirerek, bu oranın azaltılması sağlanmış oldu.

Bu sonuçlara göre araştırmacıların yorumu, mamografi radyomikleri ile birlikte meme kitlelerinin kantitatif üç bölmeli meme görüntü analizi, gereksiz meme biyopsilerini azaltma potansiyeline sahiptir. Araştırma ekibi yapacakları diğer çalışmalarla da bu etkiyi onaylamayı amaçlamaktadırlar.

DNA Tamir Genlerinin Mutasyonunda Agresif Kanserleşme Görülüyor

10 Nisan 2019

Johns Hopkins Üniversitesi’nde görev yapan bir grup araştırmacının elde ettiği bulgulara göre DNA onarım genlerinde mutasyon olan hastalarda daha agresif bir prostat kanseri şekli oluşma potansiyeli vardır. Araştırmacılar, bu hastalarda sürveyansın en doğru seçim olmayabileceğini düşünmektedirler.

Çalışmada, üç DNA onarım genindeki (ATM ve BRCA1 / 2) germ hattı mutasyonlarının, prostat kanseri için aktif sürveyanstaki erkeklerde daha yüksek dereceli riskli gruba yeniden sınıflandırılmalarını gerektirebileceği elde edilmiştir.

Önceki çalışmalarda ölümcül prostat kanseri olan erkeklerde düşük riskli prostat kanseri olanlara göre daha yüksek ATM ve BRCA1 / 2 mutasyon taşıyıcı oranları bulunmuştur. Ancak bu tür mutasyonların aktif sürveyanstaki erkekler için daha kötü sonuçlarla ilişkili olup olmadığı açık değildir.

Yeniden Sınıflandırma Riski Artıyor

Yapılan yeni çalışmada ise araştırmacılar, ATM ve BRCA1 / 2 de dahil olmak üzere üç gen panelindeki mutasyonların aktif sürveyansta kayıtlı hafif ve orta riskli prostat kanseri olan 1.211 erkeğin yeniden sınıflandırılmasına gerek olup olmadığını araştırmışlardır. Üç gen panelindeki ve sadece BRCA2'deki mutasyonların taşıyıcı oranları, tekrar sınıflama olan erkeklerde (sırasıyla %3.8 ve %2.1), yeniden sınıflandırılmayanlara (%1.6 ve %0.5) göre anlamlı derecede yüksek bulunmuştur.

Taşıyıcı olmayanlarla karşılaştırıldığında, üç gen panelindeki mutasyon taşıyıcıların, tanı anında GG1'den GG2 veya daha yüksek sınıflara yeniden sınıflanması %98 oranında daha fazla ve takipte ise aynı hastaların GG3 veya daha yüksek bir şekilde yeniden sınıflandırılma olasılığı 2,4 kat daha yüksek bulunmuştur.

Benzer şekilde, BRCA2 mutasyon taşıyıcıları, BRCA2 mutasyon taşımayanlar ile karşılaştırıldığında, takip sırasında GG1'den GG2'ye veya daha üstüne yeniden sınıflandırılma olasılığının 2.44 kat daha yüksek, GG3'e yeniden sınıflandırılma olasılığının ise 5.01 kat daha yüksek olduğu görülmüştür.

Bulgular onay gerektirmekle birlikte, DNA onarım gen mutasyonlarının ölümcül bir prostat kanseri fenotipi ile ilişkili olduğunu gösteren literatür ile tutarlıdır.

Literatür talep et

Referanslar :

Carter HB, et al. Germline Mutations in ATM and BRCA1/2 Are Associated with Grade Reclassification in Men on Active Surveillance for Prostate Cancer. Eur Urol. 2018 Oct 8. pii: S0302-2838(18)30684-5. doi: 10.1016/j.eururo.2018.09.021. [Epub ahead of print]

KHDAK Tanı ve Takibinde Likid Biyopsi Testleri Hangi Durumlarda Avantaj Sağlıyor?

01 Nisan 2019

Küçük hücreli dışı akciğer kanserinde (KHDAK) hedefe yönelik tedaviler ile oldukça başarılı sonuçlar elde edilmeye başlandı. ALK, EGFR ve ROS1 gen bölgerindeki mutasyonların tespiti ile bu bölgelere özgün tirozin kinaz inhibitörleri, günümüzde ilgili mutasyon pozitifliği gösteren hastalarda kullanılmaktadır, ancak bu tedavilerin etkinliği direnç gelişimi nedeniyle sınırlı olabilmektedir.

Akciğer kanserinde genetik mutasyonların tespitinde standart olarak doku biyopsisi alınmakta, ancak çoğu zaman tedaviye verilen cevabın anlaşılması ve tümör değişkenliğini takip edebilmek için biyopsi tekrarının yapılması gerekmektedir.

Doku biyopsisi ile tekrarlayan örneklem alınması, her hasta için mümkün olmayabilir, bu durum tümör dinamiklerini ve ilaç tepkisini daha iyi anlamak adına önemli bir engeldir. Ayrıca doku biyopsisinde, tümör heterojenitesi ve uzak metastaz oluşumunu saptamak her zaman mümkün olmayabilir.

EGFR Likid Biyopsi Mutasyon Testi FDA Tarafından Onaylandı

Daha az invaziv olan “sıvı biyopsi”, dolaşımdaki tümör DNA (ctDNA) biyobelirteçlerinin daha kolay ve daha sık analiz edilebilmesiyle akciğer kanserinin gerçek zamanlı dinamiklerini gösterebilir. Kanda dolaşan tümör DNA’sı vücuttaki metastatik tümör bölgelerinden kansere bağlı moleküler hedefler içermektedir.

Son zamanlarda oldukça hassas olan moleküler tanı teknolojileri ile yapılan çalışmalar, EGFR tirozin kinaz inhibitörü (TKI) ilaçlarının kullanımı gibi hedefe yönelik tedavilerin, KHDAK’i gibi hasta gruplarında gelişmiş klinik sonuçlar verebileceğini ortaya koymuştur. Bu sebeple, bu hastalarda likid biyopsi oldukça önem kazanmaktadır. Roche Diagnostik tarafından geliştirilen PCR tabanlı sıvı biyopsi testi olan cobas® EGFR Mutasyon Testi v2, yakın zamanda FDA tarafından onaylanıp rutin tanıda kullanılmaya başlanmıştır.

Günümüzdeki veriler, KHDAK hastalarında %10 ila %30 arasında EGFR gen mutasyonlarının varolduğunu göstermektedir. Tirozin kinaz inhibitörlerine karşı oluşan EGFR direnç mutasyonu T790M ise sekonder olarak %48 ila %62 arasında görülmektedir. Bu test sayesinde önemli sayıda hasta doğru tedavi ile buluşturulabilmektedir.

Literatür talep et

Referanslar :

Liquid Biopsy in Lung Cancer: Clinical Applications of Circulating Biomarkers (CTCs and ctDNA), Micromachines 2018, 9, 100; doi: 10.3390/mi9030100

Meme Kanserinde Patolojik Tam Yanıtın Önemi

29 Mart 2019

Yıllar boyunca birçok meme kanseri çalışmasının odağı, kanserin tekrarlama riskini azaltmak için ek sistemik tedaviler eklemek olmuştur; ancak bu tedavilerin eklenmesi birçok kadın için ek toksisiteye ve gereksiz ilaç maruziyetine yol açmaktadır. Tedavide temel amaç olan patolojik tam yanıt, sistemik tedavi sonrasında, meme dokusundaki ve lenf düğümlerindeki tüm invaziv kanser belirtilerinin yok olması olarak tanımlanmaktadır.

ABD’li bir çalışma ekibi, neoadjuvan tedaviden sonra patolojik tam yanıt ile sonrasındaki meme kanseri nüksü arasındaki potansiyel ilişkiyi ve adjuvan kemoterapinin etkisini değerlendirmek için lokalize meme kanserinde neoadjuvan kemoterapi üzerine yapılan çalışmaların kapsamlı bir meta analizini yaptı.

Ekip, üçlü negatif meme kanseri (TNBC), HER2+ meme kanseri veya hormon reseptörü pozitif / HER2 negatif (HR+ / HER2-) meme kanseri için neoadjuvan tedaviyi takiben patolojik tam yanıt görülmüş olan 27.895 hastayı kapsayan 52 çalışmayı tanımladı.

Patolojik Tam Yanıt Tedavi Gidişatını Belirgin Bir Şekilde Etkiliyor

Genel olarak, patolojik tam yanıtı olan meme kanseri hastalarının, patolojik tam yanıtı olmayan hastalarla karşılaştırıldığında, hastalığın nüks etme olasılığı %69 daha azdı. Üçlü negatif veya HER2 pozitif meme kanseri olan ve patolojik tam yanıtlı hastalar için hastalık tekrarlama riski %82 ve %68 daha az görüldü.

Patolojik olarak tam yanıtı olan hastalar, aynı zamanda, patolojik olarak tam bir yanıt almayanlara göre, %78 oranında daha düşük bir ölüm riskine sahipti. Meme kanserinin üç ana klinik alt tipi arasında da benzer eğilimler görüldü.

İlginç bir şekilde adjuvan tedavinin patolojik tam yanıt almış hastaların gidişatı üzerinde herhangi bir etkisi olmadığı görüldü. Araştırmacılara göre meme ve aksillada tam yanıtın olması, mikrometastatik bölgelerdeki tam cevapla ilişkilidir ve bu yüzden ilave adjuvan tedavinin faydası olmaz. Buna istisna merkezi sinir sisteminde görülen metastazlar olabilir; bu durumda adjuvan tedavinin fayda göstermesi beklenebilir.

Literatür talep et

Referanslar :

SABCS 2018: Meta-analysis of Pathologic Complete Response and Outcomes in Breast Cancer. abstract GS2-03. Presented December 4, 2018.

Kanserde Hedefe Yönelik Tedavi için Eşlenikçi Tanı CDx

21 Mart 2019

Eşlenikçi Tanı-Companion Diagnostics (CDx), onkoloji alanında ilaç geliştirme sürecinde etkin  bir rol oynamakla birlikte, hastalardaki tedavi seçimi ile ilgili medikal onkologlar için önemli bir araç haline gelmeye başlamıştır.

Günümüzde hedefe yönelik kanser ilaçlarının klinikteki kullanımı, ilaç-tanı geliştirme programları sonucunda CDx eşlenikçi tanı testleri ile yönlendirilmektedir. Anti PD-L1 ve anti-PD-1 gibi kanser immünoterapisinde rol oynayan moleküllerin tedavi süreçlerine dahil olması, hasta-tedavi yanıt oranı ve tedavi etkinliğini öngörmek için kritik bir önem kazanmıştır.

CDx, daha önce teşhis edilmiş bir durumu veya hedefe yönelik tedaviye uygun olan hastaları seçmeyi amaçlayan özel bir test veya cihazdır. CDx testinin, en önemli özelliği öngörücü ve seçici olmasıdır. ‘’Kişiye Özel Tıp’’ kavramı en uygun tedavinin belirlenmesi için CDx testini ön koşul olarak görmekte ve hastanın belirli bir tedaviye cevap verip vermeyeceğini belirleyen önemli bir araç olarak belirtmektedir.

FDA (Amerikan Gıda ve İlaç ve Dairesi), bir CDx testinin gerekli olduğu üç alanı belirlemiştir:

  1. Hasta için en uygun ve etkin tedaviyi belirlemek;
  2. Uygulanan bir tedavi sonucunda, ciddi bir advers olay riski altında olması muhtemel olan hastaları tespit etmek;
  3. Uygulanan mevcut tedavi cevabını izlemek ve gerekirse tedaviyi yeniden düzenlemek (örneğin; yeniden programlama, doz ayarlaması ya da durdurma gibi)

Bu nedenle, FDA'ya göre, CDx testi en etkin-güvenilir tedaviyi belirlemek ve tedaviye olan yanıtı izlemek için kullanılabilir.

Literatür talep et

Referanslar :

1. Use of Companion Diagnostics (CDx) and Predictive Biomarkers for Cancer Targeted Therapy: Clinical Applications in Precision Medicine, Predictive Biomarkers in Oncology pp 539-551, Rosanne Welcher  

2. Companion Diagnostics for Targeted Cancer Drugs – Clinical and Regulatory Aspects, Dana Olsen1 and Jan Trøst Jørgensen2,, ; Front. Oncol., 16 May 2014

Akciğer Kanserinde Moleküler ve Immunohistokimya Testlerinin Entegrasyonu

20 Mart 2019

Genomik değişimlerin (EGFR, ALK, ROS1, BRAF gibi) ve immünolojik belirteçlerin (PD-L1) dokularda ve hücrelerde tanımlanması, ileri evre veya metastatik akciğer kanseri ile başvuran hastalar için hedefe yönelik tedavilerin geliştirilmesine olanak sağlamıştır. Bu biyobelirteçler immünohistokimya (IHK) ve moleküler tekniklerle tespit edilmektedir.

Kişiye özel tedavinin yanı sıra, kişiye özel tanı yöntemleri de dikkate alınmalıdır. Laboratuvarlardaki rutin test algoritmalarından bağımsız olarak, cerrahlar ve moleküler patologlar her bir numuneyi farklı parametrelere göre dikkate almalı ve uygulanacak yöntemlerin rutin algoritmalardan farklı olabileceği unutulmamalıdır. 

Analiz Yapılmadan Önce Uygun Şartlar Oluşturulmalı

Genomik hedeflerin sayısındaki artış, moleküler test yöntemlerinin immünohistokimya yöntemi ile birlikte uygulanmasını sağlayacak algoritmaları geliştirmiştir. Rutin algoritmalardan bağımsız olarak, bazı durumlarda farklı parametrelerin de entegre edilmesi gerektiği unutulmamalıdır. Örneğin, hastadan alınan materyalin büyüklüğü ve materyaldeki tümör hücre yüzdesinin bilinmesi önemlidir, çünkü bu etkenler moleküler tekniklerin kullanımını sınırlamaktadır. Sadece birkaç tümör hücresi içeren bir materyalde, tercih edilen test yöntemi immünohistokimya olmalıdır. (ALK ve BRAF V600E değerlendirmesi için).

Akciğer kanserinde, EGFR, ALK, ROS1 ve BRAF genlerindeki değişiklikler için yapılacak olan kombine analizler vazgeçilmezdir, gerekli durumlarda MET, RET, HER2 ve NTRK genlerindeki değişimler de analiz edilmelidir. Kişiden alınan biyopsi materyallerinde her biyopsinin ayrı parafin bloğuna gömülmesi, hem moleküler hem de immunohistokimya analizleri için yeterli doku materyalini korumak üzere önerilebilir. Uygun materyal eksikliğinde NGS (yeni nesil sekanslama) yöntemi ile yapılan analizler de başarısız olabilir.

İlgilenilen bir hedefin tespiti için moleküler ve immünohistokimya yöntemi ile yapılacak sıralı testler belirlenmeli ve test algoritmaları oluşturulurken klinisyen tarafından sağlanan bilgiler dikkate alınmalıdır. Hastanın sigara içme öyküsü, yaşı, doğum yerini içeren epidemiyolojik parametreler ve testlerin acil istem durumları göz önünde bulundurulmalıdır.

Literatür talep et

Referanslar :

Hofman V, et al. Any Place for Immunohistochemistry within the Predictive Biomarkers of Treatment in Lung Cancer Patients? Cancers 2018, 10, 70; doi:10.3390/cancers10030070.

Karaciğer Kanserinde Likit Biyopsinin Önemi

27 Temmuz 2018

Hepatosellüler kanser (HCC) günümüzde mortalite açısından bakıldığında üçüncü sırada gelmektedir. Bu hastalığın tedavisindeki en önemli kısıtlar arasında ameliyat sırasındaki yetersiz diseksiyon ve ilaç tedavisi açısından hedef alınabilecek mutasyon tespitinin yetersiz olması sayılabilir. Son yıllarda birçok kanser türünde hedefe yönelik tedaviler ön plana çıkmış olsa da HCC için bu çok mümkün olmamış ve geleneksel tedavi yöntemleri kullanılmaya devam etmiştir.

HCC’de geçmişte yapılmış olan çalışmalarda TP53 ve CTNNB1 gibi DNA tamiri, hücre siklusu progresyonu ve kromatin yeniden modellenmesi ile ilgili genler ön planda bulunmuştur. Tüm genom analizi yapılan çalışmalarda hedef alınabilecek olan mutasyonların tümörlerin %28’inde bulunduğu görüldü.

Oncogene dergisinin son sayısında sunulan bir çalışmada kanda dolaşan serbest DNA (ctDNA) sekanslaması ile erken evre HCC kanseri hastalarında doku profillemesi ile önemli bir miktarda konkordans görüldü ve hedefe yönelik tedavilerin bulunduğu JAK1, PDGFRB ve BRAF gibi mutasyonlar da tespit edilebildi.

Likit Biyopsinin Önemi

Diğer malignitelere kıyasla HCC’de likit biyopsinin önemi oldukça fazla olabilir. Çünkü tanının histolojik konfirmasyonuna nadiren ihtiyaç duyulacaktır ve bu test sayesinde klinisyenlerin tedavi kararı verme sırasında elleri güçlenebilir.

Tümör rezeksiyonu, ablasyon veya karaciğer transplantasyonu gibi radikal tedaviler sonrasında HCC’ye spesifik olan somatik varyantların takibi sayesinde relapsın erken tanınması ve sağkalım sürelerinin de uzaması mümkün olabilir. Birçok radikal ve palyatif tedavinin yanısıra ct-DNA bu amaçla kullanılacak çok önemli bir aday olarak göze çarpıyor.

Ct-DNA günümüzde tüm maligniteler için genomik bilgiye ulaşılmasında önemli bir kaynak haline gelirken, sunulan son çalışmalarda elde edilen veriler HCC’de de biyomarker belirlenmesi, ve tanısal ve prediktif uygulamalar için de ct-DNA’nın aktif olarak kullanılabileceğini gösteriyor. Yapılacak prospektif çalışmalar sonucunda bu bulguların onaylanması önemlidir. Bu sayede HCC’de hedefe yönelik tedavilerin kullanılması da önem kazanacaktır.

Literatür talep et

Referanslar :

J. Pinato, David. (2018). Circulating-free tumour DNA and the promise of disease phenotyping in hepatocellular carcinoma. Oncogene. 10.1038/s41388-018-0262-8.

Pediatrik Multipl Sklerozda İmmünglobulin Serbest Hafif Zincir Analizi

20 Mart 2018

Pediatrik multipl skleroz (MS) nadir bir hastalıktır ve tüm MS vakalarının yalnızca % 3-% 5'ini oluşturur. MS'in ilk belirtileri klinik olarak optik nörit (ON), transvers myelit (TMY) veya beyin sapı, serebellar veya hemisferik disfonksiyona bağlı diğer nörolojik bulguları ortaya çıkarabilen bireysel demyelinatif olaylar olarak görülür. Artan kanıtlar, erken tedavinin MS ilerlemesini yavaşlattığını düşündürmektedir. Gelecekteki atakların tahmini ve karakterizasyonu faydalı olabilir, ancak maalesef bu tür prognostik testler hala eksiktir.

MS tanısı, MS için spesifik olmayan ancak öngörülemeyen tipik bir demyelinatif klinik sunumun yanı sıra McDonald kriterlerine uyan tipik bir dinamik manyetik rezonans görüntüleme (MRI) kombinasyonuna dayanır. Bununla birlikte, MR'nin yüksek duyarlılığına rağmen diğer merkezi sinir sistemi (MSS) hastalıkları MS'i radyolojik olarak taklit edebilir. Çocuklarda, ayırıcı tanı yaygın olarak demiyelinizan spektrum bozukluğu içinde yetişkinlere kıyasla daha geniştir. Bu gibi durumlarda, MRG bulgularının doğru bir şekilde yorumlanması güç olabilir ve doğru tanı için destekleyici laboratuvar verilere ihtiyaç duyulabilir. Yaygın olarak kullanılan diagnostik laboratuvar testinde, oligoklonal immünoglobülin (Ig) bantlarının gösterilmesi, intratekal bir Ig üretimini gösterir ve MS tanısını destekler. Bununla birlikte, bu yöntemin pediyatrik MS'de duyarlılığı net değildir. Bu nedenle, çocuk MS hastalarının yeni biyolojik belirteçlerinin araştırılması ve yeni, daha kesin tanı tekniklerinin geliştirilmesi etkili ve zamanında tedavi için çok önemlidir.

Κ ve λ Ig serbest hafif zincirlerinin (FLC) intratekal üretimi şu an MS hastalarının SSS'lerinde gelişen önemli bir immünolojik yanıt olarak görülür. Son derece hassas nefelometrik FLC testlerinin geliştirilmesi sayesinde, MS tanısında FLC analizinin önemi ortaya çıkmıştır. Monomerik artı dimerik FLC'nin toplam seviyesinin nicelenmesine izin veren nefelometrik analiz, MS hastalarının BOS'unda anlamlı bir κ-FLC artışı gösterir. Yine de, bu testin MS'in tanısı için spesifitesi, oligoklonalite testinin ve hatta IgG indeksininkinden daha düşüktür.

İsrail’den araştırmacılar, yakın zamanda yaptıkları bir çalışmada MS ve ilgili hastalıkları olan yetişkin hastaların BOS-serum örneklem çiftlerinde FLC'yi analiz etmek için yarı kantitatif bir Western blot tekniği kullandılar. Daha önce kullanılan FLC analizlerinin aksine, FLC'nin monomerik ve kovalent bağlı dimerik formlarını farklı olarak analiz ettiler. MS'i erişkinlerde bulunan diğer nörolojik hastalıklardan ayırmak için tanı açısından faydalı FLC indeksleri oluşturdular. Yöntemin özgüllüğü ve duyarlılığı oligoklonalite testine kıyasla yüksekti.

Pediyatrik MS’i Daha Kolay Tanımak Mümkün Mü?
 

Araştırmacılar yaptıkları yeni çalışmada, pediatrik MS'in yeni güvenilir biyolojik belirteçlerini ortaya çıkarmak amacıyla, FLC analizi için yeni metodolojik yaklaşımlarını uyguladılar ve çocuklarda MS tanısında bu tekniğin faydasını gösterdiler. Çalışmaya 21 MS tanılı ve 35 MS dışı demiyelinizan veya enflamatuvar nörolojik bozukluk tanılı hastaları dahil ettiler. MS tanısı klinik ve manyetik rezonans görüntüleme (MRI) bulgularına dayanıyordu. Hastaların BOS'larında ve serumlarında FLC'yi incelemek için Western blot analizi uyguladılar. FLC monomer ve dimer seviyeleri ve κ / λ oranları için FLC endekslerini hesapladılar. Örnekleri aynı zamanda oligoklonalite testi ile analiz ettiler.

Çalışma, 10 MS hastasının ("k-tipi MS") BOS'unda anormal derecede κ-FLC monomerlerinin ve dimerlerinin düzeylerinin yükseldiğini ortaya koydu. İki MS vakasında ("λ-tipi MS") λ dimerlerinin miktarları artarken, üç MS vakasında κ ve λ FLC'nin yüksek seviyeleri ("karışık tip MS") mevcuttu. MR ve klinik değerlendirme, "karışık" ve "λ-tipi" vakalar için daha agresif bir hastalık formu gösterdi. Araştırmacılar yöntemin, MS ve MS olmayan hastalar arasındaki ayrım için daha yüksek duyarlılık (% 90,5) ve özgüllük (% 91,4) ile oligoklonalite testine (sırasıyla % 81 ve % 65,7) kıyasla üstün olduğunu belirttiler. Yöntemlerinin pediatrik MS'in tanı ve prognozuna katkıda bulunabileceğini aktardılar.

Literatür talep et

Referanslar :

Ganelin-Cohen et al. Search for new biomarkers of pediatric multiple sclerosis: application of immunoglobulin free light chain analysis,  Clin Chem Lab Med 2018.

Koenzim Q10 ve İnflamasyon

01 Mart 2018

Son zamanlarda gıda desteği olarak çok çalışmada sıklıkla ismini duymaya başladığımız koenzim Q10, gün geçtikçe daha popüler olmaya başladı. Kronik inflamasyon, metabolik hastalıkların başlamasına ve gelişimine katkıda bulunur. Klinik kanıtlar, koenzim Q10'un iltihap belirteçleri üzerinde bazı etkilerinin olduğunu önermektedir. Peki söylenildiği gibi koenzim Q10’un inflamasyon üzerine etkisi var mıdır? Ne düzeyde ve nasıl ilişkilidir? 

Bu sorulara cevap bulmak amacıyla yapılan bir meta-analizde metabolik hastalığa sahip olan insanlarda koenzin Q10’un etkileri incelendi. Elektronik veritabanları Şubat 2016'ya kadar randomize kontrollü çalışmalar (RKÇ) için araştırıldı ve interlökin-6 (IL-6), tümör nekroz faktör-alfa (TNF-α) ve C reaktif protein (CRP) dahil inflamatuar faktörler ile ilişkili sonuç parametreleri değerlendirilmeye alındı. Meta-analiz yazılımı için RevMan yazılımı kullanıldı. Yöntem olarak STATA yazılımı ile Meta-regresyon analizi, Egger hattı regresyon testi ve Begg rank korelasyon testi uygulanarak yapıldı.

Koenzim Q10 Takviyesi TNF- α Düzeyini Düşürüyor

Meta-analize toplam 428 denek içeren dokuz çalışma dahil edildi. Sonuçlara göre, kontrol grubuna kıyasla, koenzim Q10 takviyesinin serum koenzim Q10 düzeyini 1.17μg / ml’ye [MD = 1.17,% 95 GA (0.47-1.87) μg / ml, I2 =% 94] arttırdığını görülürken, TNF-α'da 0.45 pg / ml [MD = -0.45,% 95 GA (-0.67 ila -0.24) pg / ml, I2 =% 0] oranında önemli ölçüde düşüş saptandı. CRP [MD = -0.21, 95% CI (-0.60 to 0.17) mg/L, I2 = 21%] ve IL-6[MD = -0.89, 95% CI (-1.95 to 0.16) pg/ml, I2 = 84%] için ise koenzim Q10 ve plasebo arasında anlamlı bir fark gözlenmedi.

Sonuç olarak koenzim Q10 takviyesi kısmen inflamasyon sürecini iyileştirebiliyor gibi görünse de koenzim Q10'un inflamasyon üzerindeki etkileri, daha büyük örneklem büyüklüğü ve yeterince uzun süren iyi tanımlanmış çalışmalar yürütmek suretiyle derinlemesine araştırılmalıdır.

Literatür talep et

Referanslar :

Zhai J et al Effects of Coenzyme Q10 on Markers of Inflammation: A Systematic Review and Meta-Analysis.: PLoS One. 2017 Jan 26;12(1):e0170172. doi: 10.1371/journal.pone.0170172. eCollection 2017.

Mide Kanseriyle Alakalı Ayrıntılı Genom Analizi Yapıldı

28 Şubat 2018

Küresel bir perspektiften bakıldığı zaman gastrik kanserin, kanserin en yaygın ve öldürücü formlarından biri olduğu görülmektedir. Özellikle Doğu Asya'da, tütsülenmiş gıda tüketiminin yaygın olması nedeniyle gastrik kanser insidansı son derece yüksektir. Günümüze kadar yapılmış olan çalışmalarda, gastrik kanser tanısında biyolojik belirteç olarak bir veya birkaç gen belirlenemedi ve gastrik kanser tedavisinde önemli olabilecek genlerin ayrıntılı tanımlaması yapılamadı.

Çin’de yapılan yeni bir çalışmada, normal mide dokuları ile GC dokuları arasında farklı olarak eksprese edilen genleri ayırt etmek için Gen İfade Omnibus (GEO) veritabanına yüklenen dokular, tüm genom geniş ifade profilleme dizileri ile analiz edildi. GSE13911, GSE19826 ve GSE79973, GPL570 platformunu temel aldı ve GSE29272, GPL96 platformunu temel aldı. İki platformdan farklı eksprese edilen genler taranarak bu iki platformun kesişim noktası seçildi. Bunun peşi sıra farklı laboratuvarlardan gelen sıralama verilerinde ortak olan farklı eksprese edilen genler tespit edildi. Son olarak, 384 gastrik kanser örneğinden 3 yukarı doğru düzenlenmiş ve 34 aşağı doğru düzenlenmiş farklı eksprese edilen gen elde edildi.

Çok Sayıda Gen Tespit Edildi

Aşağı doğru düzenlenmiş gen sayısı, yukarı doğru düzenlenmiş genlerin sayısından daha büyük olduğu için, aşağı düzenlenmiş farklı eksprese olan genler üzerinde işlevsel analiz ve yolak zenginleştirme analizi gerçekleştirildi. Analizin sonucunda, salgılanan fosfoprotein 1 (SPP1), sülfataz 1 (SULF1), trombospondin 2 (THBS2), ATPaz H + / K + taşıyan beta altbirimi (ATP4B), gastrik intrinsik faktör GIF) ve gastrokine 1 (GKN1) gibi gastrik kanserle ile ilişkili en önemli genler tespit edildi. Bu genlerin prognostik gücü, Oncomine veritabanında ve Kaplan-Meier plotter (KM-plotter) analizi ile doğrulandı. Ayrıca gastrik asit sekresyonu, toplayıcı kanal asit sekresyonu, azot metabolizması ve ilaç metabolizması gastrik kanser ile anlamlı olarak ilişkiliydi. Bu nedenle araştırmacılara göre, bu genler ve yollar gastrik kanserli hastalarda tanı ve klinik etkileri geliştirme potansiyel hedefleri olabilir.

Literatür talep et

Referanslar :

Fei HJ et al. Identification of significant biomarkers and pathways associated with gastric carcinogenesis by whole genome-wide expression profiling analysis. Int J Oncol. 2018 Jan 11. doi: 10.3892/ijo.2018.4243. [Epub ahead of print]

Akciğer Kanseri Mutasyonları Irklar Arası Farklılık Gösteriyor

24 Ekim 2017

Akciğer kanseri tedavisine yön verici olarak son yıllarda çok sayıda mutasyon tanımlanmıştır. Özellikle EGFR, ALK, ROS gibi mutasyonlar tespit edilmesi halinde hedefe yönelik ajanlarla uzun sağ kalım sürelerine ulaşmak mümkün olmaktadır. Bu mutasyonların ırklar arasında görülme sıklıklarının ise birbirine göre farklılık gösterebileceği bilinmektedir.

Çin merkezli yapılan bir çalışmada akciğer kanserindeki bu mutasyonların hangi oranlarda görüldüğü ve beyaz ırktan farklılaşıp farklılaşmadığı değerlendirildi. Bugüne kadar Asyalı akciğer adenokarsinomu hastalarında genomik değişikliklerin peyzajını yalnızca sınırlı çalışmalar araştırmıştı.

Kapsamlı Genomik İnceleme Uygulandı

Bu tek merkez çalışmada, Çin etnik kökenine sahip insanlardaki akciğer kanseri mutasyonel profilini aydınlatmak ve elde edilen bilgileri tedavi için karar verme kılavuzu olarak kullanmak amacıyla tümör numunelerinin kapsamlı genomik karakterizasyonunu yapmak için iyi geçerlilik kazanmış bir test kullanıldı. Çalışmaya 306 akciğer kanseri hastası dahil edildi.

Yapılan ayrıntılı analiz sonucunda 145 tümörle ilişkili gende toplam 845 bireysel genomik değişiklik bulundu; bunlar örnek başına ortalama 2,8 değişiklik anlamına gelmekteydi. En sık mutasyona uğramış olan genler EGFR (% 46.7), TP53 (% 21.2), ALK (% 12.1,% 8.8 mutasyon ve% 3.3 yeniden düzenlenme) ve KRAS (% 10.1) idi.

Veriler Asyalı Irkı Ayrıştırıyor

Kanser Genomu Atlası veri setiyle karşılaştırıldığında, EGFR'nin bu kohortta daha yüksek bir frekansta mutasyona uğradığı, KRAS'ın ise sadece % 10.1'inde mutasyona uğramış şekilde bulunduğu saptandı. Beyaz ırkta ise KRAS’ın EGFR’nin iki katı kadar daha fazla oranda mutasyon gösterdiği bilinmektedir.

Çalışmadaki 185 (% 60.5) hastada klinik olarak ilgili genomik değişiklikler tespit edildi; bunlar adenokarsinoma hastalarında% 50, skuamöz hücreli karsinoma hastalarında % 14 idi.

Elde edilen bulgular, Asya etnik kökenine sahip olmanın, somatik sürücü mutasyonlarının varlığı açısından beyaz ırktan önemli ölçüde farklı olduğunu ortaya koymaktadır. Kapsamlı bir genotiplendirme yaklaşımının kullanılması tedavi kararının verilmesine yardımcı olabilir.

Literatür talep et

Referanslar :

Liu L et al. Comprehensive genomic profiling of lung cancer using a validated panel to explore therapeutic targets in East Asian patients. Cancer Sci. 2017 Sep 26. doi: 10.1111/cas.13410. [Epub ahead of print]

MS’te hastalık Şiddetini Öngörebilecek Yeni Biyolojik Belirteçler Tanımlandı

17 Ekim 2017

Multipl skleroz (MS) merkezi sinir sistemini etkileyen, beyin ve omuriliği kapsayan kronik bir durumdur. MS'in nasıl ortaya çıktığı tam olarak bilinmemektedir ve tedavi seçenekleri hala sınırlıdır. MS’te miyelin kılıf zamanla bozulur ve sinir lifleri boyunca sinyaller yavaşlar veya tamamen durur. Bu da kas güçsüzlüğü, koordinasyon ve denge sorunlarına yol açar. Bağışıklık sisteminin miyeline saldırmasına neden olan nedenler henüz tam olarak anlaşılamamış olsa da, MS'in otoimmün bir hastalık olduğu düşünülmektedir. Semptomlar bireyler arasında önemli derecede farklılık gösterir. MS hafif bir seyirden kişide tam engelliliğe kadar uzanan etkileri olan, seyri önceden tahmin edilemeyen bir hastalıktır.

MS'li insanların çoğunda, semptom ataklarının veya relapsların zaman zaman ortaya çıktığı relapsing-remitting (RRMS) formu vardır. Nüksler arasında herhangi bir belirti olmaksızın aylar veya yıllar olabilir. RRMS'li hastaların yarısından fazlası, iyileşme evresi olmadan semptomların kademeli olarak kötüleştiği progresif MS’e ilerlemektedir. Ancak bazı kişiler relapsing-remitting evresini yaşamamaktadır ve bunun yerine progresifi MS'e gitmektedir. Bu primer ilerleyici MS olarak bilinir.

MS’in Seyrini MIF ve D-DT ile Başlangıçta Tahmin Edebilir Miyiz?

Son zamanlarda Amerika’dan bilim adamları, MS'de yavaş başlayan benin ya da şiddetli biçimde hızlanan daha şiddetli formları belirleyen moleküler mekanizmaları anlamaya çalışıyorlar. Araştırmacılar 100'den fazla MS hastasını incelediler, bu klinik gözlemleri 500'den fazla DNA ve plazma örneğinin analiziyle birleştirdiler ve makrofaj göç engelleyici faktör (MIF) ile D-dopakrom totomeraz (D-DT)  olarak bilinen iki yakından ilişkili molekülün, hastalığın daha şiddetli bir biçimine hızlı bir ilerleme ile ilişkili olduğunu buldular. Bu spesifik sitokinlerin, enflamasyonu arttırdığı ve belirli otoimmün hastalıkların kötüleşmesiyle ilişkili olduğunu belirttiler.

Araştırmacılar, progresif hastalığa sahip olan erkeklerin, relapsing-remitting hastalığa sahip erkekler ve MS’li kadınlarla karşılaştırıldığında, artmış MIF ve D-DT düzeylerine sahip olduklarını gördüler. Dahası, progresif hastalığa sahip erkeklerde artmış MIF ve D-DT düzeylerinin, a-794CATT5-8 mikro satellit tekrarı ve a-173 G / C SNP olmak üzere MIF geninde bulunan iki yüksek eksprese promoter polimorfizminin varlığı ile anlamlı korelasyon gösterdiğini gözlemlediler.

Araştırmacılar elde ettikleri bulguların önemli olduğunu, çünkü hangi hastada hastalığın hangi formda ilerleyeceğinin basit bir genetik test ile önceden belirlenebileceğini ve böylece daha erken şekilde uygun tedavilere başlanabileceğinin altını çizdiler.

Literatür talep et

Referanslar :

Benedek et al. MIF and D-DT are potential disease severity modifiers in male MS subjects, PNAS 2017.

Glokom Hasarına Yönelik Bir Belirteç Bulundu

20 Haziran 2017

Dünya genelinde körlüğün önde gelen bir nedeni olan glokom, genellikle rutin bir göz muayenesinde teşhis edilir. Zamanla, gözün içindeki yüksek basınç göz sinirine zarar verir ve görme kaybına yol açar. Ne yazık ki, hangi hastaların en hızlı şekilde görme fonksiyonunu kaybedebileceğini doğru bir şekilde tahmin etmenin hiçbir yolu yoktur. Glokom, dünyadaki körlüğün ikinci en önde gelen nedenidir ve 60 milyondan fazla kişiyi etkilemektedir. Hastalık sık sık sessizce başlar, periferik görme kaybı yavaş yavaş ortaya çıkar ve erken farkedilmez. Zamanla, merkezi görme etkilenir, bu da agresif bir terapi başlamadan önce göz çoktan hasar görmüş demektir. Birçok hasta doktorları gözlerindeki basıncın arttığını keşfedince tedaviye başlarlar. Göz damlası gibi bu tedaviler gözdeki basıncı düşürmeyi amaçlar, ancak bu tür tedaviler glokomda tahrip olan hücreler olan retinalardaki gangliyon hücrelerini her zaman korumayabilir ve bu da görme kaybına neden olabilir. Washington Üniversitesi Tıp Fakültesi araştırmacıları, fareler üzerinde çalışarak, muhtemelen hastalığın seyrini izlemek ve tedavinin etkinliği arttırmak için kullanılabilecek hasar belirteçlerini tespit ettiler.

Glokom uzmanları, görme alanı testiyle ganglion hücresi ölümünün neden olduğu görme kaybını izlemeye çalışırlar. İşte o zaman bir hasta yanıp sönen bir ışık gördüğünde bir düğmeye basar. Görme kaybedildiğinde, hastalar görme alanının çevresindeki yanıp sönen daha az ışık görürler ancak bu test her zaman tamamen güvenilir değildir, örneğin bazı yaşlı hastalar bu testi doğru şekilde uygulayamayabilir. Glokom fare modellerini inceleyen araştırmacılar, büyüme farklılaşması faktörü 15 (GDF15) olarak adlandırılan, hayvanların yaşları arttıkça molekülün seviyelerinin arttığını ve optik sinir hasarı geliştiğini belirten bir molekül tespit etti. Sıçanlardaki deneyleri tekrarladıklarında da aynı sonucu gördüler. Ayrıca, glokom, katarakt ve diğer sorunları tedavi etmek için göz ameliyatı geçiren hastalarda, araştırmacılar glokom hastalarının da gözlerinin sıvısında GDF15 seviyesinin yükseldiğini keşfettiler. Araştırmacılar, molekülün retina içindeki hücrelerin ölmesine neden olduğuna inanmıyor; bunun yerine, retinal hücrelerdeki stresin bir işareti olduğunu düşünüyorlar. Bu çalışmanın potansiyel kısıtlılığı, sıvı numunelerinin hastaların gözünden sadece bir kez alınmasıdır, bu nedenle zamanla GDF15 düzeylerini izlemek mümkün değildir. Gelecekteki çalışmalarında, hastalık ilerledikçe biyolojik belirteç düzeylerinin yükselip yükselmediğini belirlemek için biyomarkerin çeşitli zaman noktalarında ölçülmesi önemlidir.

Literatür talep et

Referanslar :

Ban N, et al. GDF15 is elevated in mice following retinal ganglion cell death and in glaucoma patients. JCI Insight, 2017; 2 (9) DOI: 10.1172/jci.insight.91455

Kolorektal Kanserde Sistemik İnflamasyon Belirteçleri

18 Mayıs 2017

Sistemik inflamasyonun, kolorektal kanser (KRK) de dahil olmak üzere birçok kanser tipinde kanser progresyonunu ve metastazı desteklemede önemli bir rol oynadığı kanıtlanmıştır. Bu sebeple geçtiğimiz günlerde yayınlanmış olan bir derleme ile, KRK'li hastalarda inflamasyona dayalı belirteçlerin prognostik değeri ile ilgili çalışmalara genel bir bakış sunulması amaçlanmıştır. Araştırma kapsamında KRK tedavi sonuçlarına göre Glasgow prognostik skoru (GPS), modifiye GPS (mGPS), nötrofil lenfosit oranı (NLR), trombosit lenfosit oranı (PLR) ve lenfosit monosit oranı (LMR) arasındaki prognostik değeri bildiren makaleler için bir literatür araştırması yapıldı.

Bu araştırmaya göre rezeke edilebilir erken evre KRK'de, yüksek GPS puanları kansere özgü hayatta kalma ile anlamlı şekilde ilişkili görünmektedir. Ayrıca, evre II KRK için adjuvan kemoterapinin, yüksek GPS puanları olan hastalarda kansere özgü sağ kalımı iyileştirebileceği önerilmiştir. Hem rezektabl hem de rezeke edilemeyen metastatik KRK ve daha yüksek bir GPS puanı olan hastalarda, tüm çalışmalar genel sağ kalımda zayıflık önerdi. Erken evre ve rezektabl metastatik CRC'de NLR genel sağ kalım ile ilişkili görünüyordu ancak bununla birlikte, hastalıksız sağ kalıma ilişkin veriler uyumsuz olarak bulundu. Metastatik hastalıkta, daha büyük bir NLR ile bevasizumaba daha az yanıt arasında olası bir korelasyon önerilmiştir. PLR ​​ve LMR'nin prognostik ve prediktif rolü hakkındaki veriler ise yetersizdir.

Bu çalışmada önerildiği kadarıyla rezeke edilemeyen metastatik hastalığı olan hastalarda, kemoterapötik sonucu tahmin etmek ve tümör progresyonunu izlemek için inflamasyon belirteçleri kullanılabilir. Ancak daha büyük ve sistematik çalışmalarla bu öneri değerlendirilmelidir.

Literatür talep et

Referanslar :

Rossi S, et al. Are Markers of Systemic Inflammation Good Prognostic Indicators in Colorectal Cancer? Clin Colorectal Cancer. 2017 Mar 24. pii: S1533-0028(16)30199-2. doi: 10.1016/j.clcc.2017.03.015. [Epub ahead of print]

DNA Mutasyonlarını Tespit Eden Yeni Bir Biyosensör Geliştirildi

15 Temmuz 2016

Kaliforniya Üniversitesi’nden biyomühendisler DNA mutasyonlarını saptayabilen elektrikli grafen bir çip geliştirdiler. Araştırmacılar bu yeni teknolojinin erken kanser taramaları için kan-bazlı testleri,  virütik hastalık biyolojik belirteçlerinin görüntülenmesi ve mikrobik sekansların gerçek zamanlı saptanması gibi farklı medikal uygulamalarda kullanılabileceğini düşünüyorlar.

Araştırmacılar gen mutasyonlarının tespit edilmesinde hızlı ve ucuz dijital bir metodun geliştirilmesinde ön sıralarda olduklarını belirttiler. Geliştirme evresindeki bu teknolojinin gerçek zamanlı spesifik DNA mutasyonlarının vücuda yerleştirilebilen ve bilgileri laptop ve akıllı telefonlar gibi mobil cihazlara gönderebilen bir biyosensör çip için ilk adımlar olduğunu aktardılar.

Araştırmacılar SNP (single nucleotide polymorphism) denen en sık görülen genetik mutasyonları tespit etmek için geliştirilmiş yeni bir teknoloji olduğunu söylediler. SNP’lerin çoğunun sağlık üzerinde etkisi olmadığını, bazılarının ise kanser, diyabet, kalp hastalıkları, nörodejeneratif bozukluklar, otoimmün ve enflamatuar hastalıklarla ilişkili olduğunun altını çizdiler. Geçerli SNP tespit metodlarının yavaş, pahalı olduğunu ve hantal ekipmanların kullanımını gerektirdiğini fakat bu teknoloji ile bütün bu problemlerin geride bırakılabileceğini belirttiler.

Geliştirdikleri çip, grafen alan etkili transistör üzerine yerleştirilmiş DNA probunu içeriyor. DNA probu ise spesifik SNP tipleri için kodlanmış bir sekans içeriyor. Çip SNP’li DNA moleküllerini yakalamak üzere üretiliyor ve bu parçalar proba bağlandığında elektrik sinyali üretiliyor.

Araştırmacılar çipin DNA zincir yer değiştirmesi ile çalıştığını, bir DNA çift sarmalının bir zincirden diğer bir tamamlayıcı zincir ile değiştiğini aktardılar. Yeni tamamlayıcı zincirin (SNP mutasyonu içeren) çift sarmaldaki bir zincire daha güçlü bağlandığını ve diğer zincirle yer değiştirdiğini bildirdiler.

Araştırmacılar çift zincirli DNA probunun kullanıldığı bu teknolojinin tek zincirli DNA problarının kullanıldığı SNP tespit metodlarına göre oldukça önemli bir gelişme olduğunun altını çizdiler.  Bu yeni teknoloji ile yanlış pozitif sonuçların azaltıldığını söylediler. Çift zincir DNA probunun bir diğer avantajının ise probun daha uzun olabilmesi, daha uzun DNA parçalarındaki bir SNP’nin tespit edilebilmesi olduğunu aktardılar.

Araştırmacılar 47 nükleotid uzunluğundaki bir probla başarılı şekilde SNP tespiti yapabildiklerini ve geliştirdikleri teknoloji ile yüksek duyarlılık ve özgüllüğe ulaştıklarını belirttiler.

Literatür talep et

Referanslar :

Hwang et al. Highly specific SNP detection using 2D graphene electronics and DNA strand displacement,  Proceedings of the National Academy of Sciences, 2016

Meme Kanseri Tanısında Yapay Zeka

04 Temmuz 2016

Kanser tanısı patologlar tarafından son yüz yıldır aynı yöntemle yani mikroskop altında patolojik kesitlere bakarak konuluyor. Ancak bu tanının en doğru şekilde konulabilmesi belki de yapay zeka tarafından eğitilen bilgisayarlar ile mümkün olabilecek.

Beth Israel Deaconess Tıp Merkezi (BIDMC) ve Harvard Tıp Fakültesi’nde görev yapmakta olan bir grup araştırmacı patoloji görüntülerinin değerlendirmesini yapabilen bilgisayarları eğiten bir yapay zeka yöntemi geliştirdiler. Araştırmacıların bu gelişim ile birlikte uzun dönemdeki hedefi daha doğru tanı koyabilen yapay zeka destekli sistemler geliştirmek.

Araştırmacılar konuşma ve görsel tanıma işlemlerini içeren bir algoritma ile bir derin öğrenme yöntemi geliştirdiler. Bu yaklaşım ile makinelerin gerçek yaşamda görülen karmaşık yapı ve paternlere sahip verileri, yapay nöronal çok tabakalı sistemler geliştirerek yorumlaması mümkün olabilmektedir ki bu da insandaki öğrenme sistemine benzer bir sistemdir.

Geliştirilmiş bu yöntem lenf nodları üzerinde meme kanseri hücresi taşıyıp taşımadığının belirlenmesi amaçlanarak test edildi. Hastaların lenf nodlarında metastatik meme hücrelerinin var olduğunun tespiti tedavi kararına yön vermesi için son derece önemlidir. Standart mikroskopik yöntemle milyonlarca hücre arasında malign birkaç hücrenin kaçırılabileceğini düşünen araştırma ekibi bu işin tam bir bilgisayar sistemine göre olduğuna karar verdiler.

Normalde patologların lenf nodu kesitlerinden metastatik meme kanseri hücresini tespit etme oranı %96 iken, araştırmacıların geliştirmiş olduğu yapay zeka ile çalışan bilgisayar da %92 doğrulukla metastatik meme kanseri hücresini tespit edebildi. Daha da çarpıcı olan bu otomatize bilgisayar yöntemi ile patoloğun analizi bir araya getirildiği zaman %99,5’lik bir doğru tanı başarısının sağlanmış olmasıydı.

Patologlar için dijital imajlarla birlikte öğrenebilen makineleri kullanmak hız ve daha doğru tanı anlamına gelir ve bu hayale ulaşmak artık günümüz teknolojisi ile mümkün olabilecek. Araştırmacıların sıradaki hedefi geliştirmiş oldukları sistemi optimize ederek daha doğru ve kesin tanıyı mümkün kılmak ve patologları elini biraz daha kolaylaştırmak olacak.

Literatür talep et

Referanslar :

 

Beth Israel Deaconess Medical Center. "Artificial intelligence achieves near-human performance in diagnosing breast cancer." ScienceDaily. ScienceDaily, 20 June 2016.

Pulmoner Fibroziste Pulmoner Makrofajlar Araştırıldı.

29 Nisan 2016

Pulmoner fibrozis (PF) nefes almada güçlük ve solunum yetmezliğine neden olabilen ilerleyici bir rahatsızlıktır ve tanıdan itibaren 3 yıllık bir yaşam beklentisine sahiptir. PF’de tedavi seçenekleri oldukça kısıtlıdır ve bu yüzden bu alanda ciddi bir karşılanmamış ihtiyaç vardır. Makrofaj biyolojisine karşı artan yeni ilgi akciğer makrofajlarının kökenleri biyolojileri ve fenotiplerine dair yeni fikirlerin gelişmesine neden oldu.

Bir grup araştırmacı hazırladıkları bir makalede fibrotik akciğer hastalıkları sırasında makrofajların rolüne odaklanan ve fibrotik mekanizmaları inceleyen bir inceleme yayınladı. İncelemede hem insan hem de mürin çalışmaları gözden geçirildi. Böylelike hastalığın tanısı için yeni makrofaj merkezli biyobelirteçler ve gelecekteki anti-fibrotik tedaviler için muhtemel hedefler ortaya çıkarıldı.

Araştırmacılar solunum biyolojisinde makrofajların rollerine geçtiğimiz birkaç yıl içinde yeniden ilgi duyulmaya başlandığını söylediler ve havayolu ve akciğer  mikro çevresinde makrofajların, homeostatik regülasyonda görev aldıkları kadar intersistiyel akciğer hastalığı (İAH) hastalarından enflamasyon ve fibrozisin gelişmesinde de rol  aldığını eklediler. İncelemede makrofajların ve makrofaj ürünlerinin fibrotik sürecin her aşamasında karmaşık bir şekilde yer aldığı vurgulandı. İAH hasta örneklerinde yapılan çalışma İAH sırasında makrofajların düzeninin bozulduğunu açıkça gösteren araştırmacılar bu gözlemlerinin işlevsel ilgisini teyit etmek için mürin modellerini kullandılar.

Araştırmacılar bir sonraki mücadelelerinin bu bulgularının ileride geliştirilebilecek yeni kullanılabilir bir tedaviye dönüştürülebilmesi olduğunu söylediler. Makrofaj ürünlerinin bloklanması, hücresel transfer tedavileri ya da bunların birlikte kullanılmasının oldukça yararlı olabileceğine dikkat çeken araştırmacılar gelecekti araştırmaların fibrotik akciğer hastalık mekanizmalarındaki spesifik akciğer makrofaj gruplarının aydınlatılmasına odaklanması gerektiğini belirttiler.

Literatür talep et

Referanslar :

Byrne AJ et al. Pulmonary Macrophages: A New Therapeutic Pathway in Fibrosing Lung Disease? Trends Mol Med. 2016 Apr;22(4):303-16.

Alzheimer’ı Erken Dönemde Saptayabilecek Yeni Bir Kan Testi Geliştirildi

22 Nisan 2016

Günümüzde Alzheimer hastalığında tanı çok geç dönemde konabilmektedir. Almanya’dan bir grup araştırmacı Alzheimer hastalığını erken dönemde saptamaya imkan sağlayabilecek bir test geliştirdiler. Testin kızılötesi sensörlerin kullanıldığı immüno-kimyasal bir analize dayandığını söylediler. Sensörün yüzeyinin Alzheimer’da kan ve beyin-omurilik sıvısında bulunan biyolojik belirteçlere yüksek spesifitesi olan antikorlar ile kaplı olduğunu belirttiler. Bu kızılötesi sensör hastalığın klinik semptomlarının ortaya çıkmasında 15 yıl öncesine kadar ortaya çıkabilen kimyasal değişikliklerin biyolojik belirteçlerini analiz edebilmekteydi.

Araştırmacılar Alzheimer hastalığında klinik semptomların ortaya çıktığında beyinde masif geri dönüşümsüz hasarın çoktan oluştuğunu ve tedavideki en büyük problemin bu olduğunu söylediler. Bu noktada ise yapılabilecek tek müdehalenin semptomatik tedavi olduğunu belirttiler. Araştırmacılar tedavi için en uygun olabilecek ve arzu edilenin, hastalığın erken dönemde tanınmasını sağlayan bir kan testi ile tespiti ve devam eden hastalık sürecini inhibe edebilecek bir ilaç olduğunu söylediler.

Bu yeni test için amiloid beta peptidleri olarak adlandırılan sekonder yapıların biyolojik belirteç olarak hizmet ettiğini belirttiler. Alzheimer hastalarında ise bu yapının değiştiğini söylediler. Yapısal bozulma ile amiloid beta peptidlerin giderek birikerek Alzheimer hastalarında tipik olan gözle görülebilir plak depozitlerinin oluşumuna neden olduğunu eklediler. Bunun, ilk klinik semptomların görülmesinde 15 yıl öncesinde meydana gelmeye başladığını söylediler. Patolojik amiloid beta plakların PET CT ile saptanabildiğini fakat daha pahalı bir yöntem olduğunu ayrıca radyasyon maruziyetine neden olduğunu belirttiler.

Araştırmacılar geliştirdikleri metodun patent beklediğini ve başlangıçta beyin omurilik sıvısında çalıştıklarını ve daha sonra kanda da bu yöntemi uyguladıklarını belirttiler. Araştırmacılar biyosensör ile normal ya da patolojik var olan tüm amiloid beta sekonder yapılarını saptadıklarını söylediler. Kesin tanının tüm sekonder yapıların dağılımının değerlendirilmesinden önce mümkün olmadığını belirttiler. Amiloid beta peptid analizinin ELİSA ile zaten yapılabildiğini fakat sekonder yapıların dağılımı ile ilgili tanısal bilginin ilk kez kendi metodları ile sağlanabildiğini söylediler.

Araştırmacılar bu testin 141 hasta üzerinde analiz ettiklerini ve altın standart yöntemlerle karşılaştırıldığında tanıda kesinliğin kanda %84 ve beyin omurilik sıvısında %90 oranıyla daha yüksek olduğu sonucuna vardıklarını belirttiler.

Araştırmacılar küçük bir hasta grubunda testin Alzheimer hastalığının erken dönemde saptanmasındaki potansiyelini de değerlendirdiklerini ve sonuçların testin erken dönemde dahi patolojik amiloid beta peptid düzeylerindeki yükseklikleri saptayabildiği yönünde olduğunu söylediler. Araştırmacılar daha optimize istatistiksel bilgi için 800 kişi üzerinde hastalığın erken dönemde saptanabilirliğinin değerlendirildiği bir çalışma da yürüttüklerini belirttiler.

Literatür talep et

Referanslar :

  Ruhr-University Bochum. "Novel blood test for Alzheimer's diagnosis: Potential pre-clinical early-detection test." ScienceDaily. ScienceDaily, 15 March 2016. .

Kanserin Yeni Belirleyicisi

10 Mart 2016

Epigenetik yaş biyolojik yaşın hesaplanmasında kullanılan yeni bir yöntem ve bu iki yaş arasındaki en büyük fark kansere yakalanma ve ölme ihtimaliniz.

Kişinin epigenetik yaşı hesaplanırken kanda çevresel etmenler,kimyasallar, obezite, egzersizden etkilenen 71 DNA metilasyon markerı kullanılmış. Bu test genel olarak kullanılmasada Northwestern Üniversitesinin de dahil olduğunu araştırmalarda kullanılmakta. DNA metilasyonunda; genin DNA kodu değiştirilmeden, gene bir grup molekül bağlanarak geni vücuttan gelen biyokimyasal sinyallere karşı  daha az ya da daha çok hassas hale getiriliyor.

Araştırmacılar 1999 yılından 2013 yılına kadar kanser olmayan randomize seçilen 442 kişiden 834 kan örneği incelediler., Önceki çalışmalarda tek seferde kan alınırken bu çalışmada multiple kan örnekleri yapılarak, her  yıl epigenetik ve kronolojik yaş arasındaki dengenin değiştiğini gördüler. Çalışma grubunun yüzde 6’sında kanser görülme riskinin arttığını , yüzde 17’sinde ise 5 yıl içinde kanserden ölüm riskinin arttığını tespit ettiler. Araştırmaya göre epigenetik yaşı kronolojik yaşından 6 ay büyük olan insanlar kanserden dolayı 2.2 yıl geç ölecekler.

Araştırmacılardan Dr. Lifang Hou, kan testi ile kişilerin iki yaşı arasındaki farkı hesaplayarak erken kanser teşhisi koymanın umut vaad edici olduğunu; sağlıklı kişilerin yaşları arasındaki farkın küçük olduğu, verilere göre bu yaşlar arasındaki farkın yüksek olduğu kişilerin kansere meyilli olduğunu belirtti. Bu araştırma biyokimyasal yaş-epigenetik yaş- kan tetkiki ile kanser erken tanısı açısından ilk çalışma olması açısından önem arz ediyor. Önceki çalışmalardan farkı ise tek zamanlı olmaması, çeşitli faktörlerin de kanserle ilişkisi açısından çalışmaya dahil olması olarak özetlenmiş.

Literatür talep et

Referanslar :

Yinan Zheng, Brian T. Joyce, Elena Colicino, Lei Liu, Wei Zhang, Qi Dai, Martha J. Shrubsole, Warren A. Kibbe, Tao Gao, Zhou Zhang, Nadereh Jafari, Pantel Vokonas, Joel Schwartz, Andrea A. Baccarelli, Lifang Hou. Blood Epigenetic Age may Predict Cancer Incidence and Mortality. EBioMedicine, 2016; DOI: 10.1016/j.ebiom.2016.02.008 

Meditasyon Meme Biyopsisinde Ağrı, Anksiyete ve Yorgunluğu Azaltıyor

11 Şubat 2016

Araştırmacılara göre bu basit, ucuz ve kolay yöntemler benimsenerek kişilere biyopsi sırasında  ağrı, anksiyete ve yorgunlukla ilgili yakınmalarının üstesinden gelinebilir. 4 Şubat 2016’da Radyoloji Amerikan Koleji Dergisinde yayınlanan çalışmaya göre; meme kanseri teşhisinde görüntüleme tekniği ile iğne biyopsisi çok verimli ve başarılı, ancak anksiyete ve ağrı hasta açısından olumsuz etki yaratmakta. Hastalar bundan dolayı işlem sırasında hareket edebiliyor ve bu da biyopsinin etkinliğini azaltabiliyor, ya da kişiler sonraki taramaları ve testleri istemeyebiliyor. Ayrıca artık geri ödeme şartları giderek hasta bakımı ve memnuniyeti üzerine yoğunlaşmakta. Çalışmanın hastaların daha iyi bir deneyim yaşaması açısından ve hastalara daha şefkatle yaklaşılması açısından önemli olduğu söylenmiş.

Araştırmacılar  Duke’da kayıtlı  meme kanseri tanılı 121 kadını, biyopsiye gideceklerinde kayıtlı meditasyon/müzik/standart bakımdan  oluşan bir teknoloji ile destekleyerek bu üç teknikten birisini randomize olarak uygulamış. Meditasyonlar sevgi, iyilik, kendine karşı şefkat gibi olumlu duygular oluşturmak ve negatif duygulardan arınma üzere odaklanmış. Standart konuşma meditasyonu alan grup radyolog ya da teknisyen ile destekleyici ve rahatlatıcı dialog içindeyken, müzik grubu kendi seçimleri olan enstrumental jazz, klasik piano, arp, flüt, doğa sesleri ve dünya müzikleri dinlemiş.Biyopsinin öncesinde ve sonrasında katılımcılara anksiyete ve stresle ilgili bir anket uygulanmış, kişiler biyopsi ağrı seviyesini birden ona kadar numaralandırıp, yorgunluk sınıflaması yapmışlar.

Klasik meditasyon ve müzik grubundaki hastalar standart bakım alanlara göre belirgin seviyede anksiyete ve yorgunlukta azalma olduğunu belirtmiş, standart bakım alanlar ise biyopsi sonrası ağrılarının arttığını söylemişler. Meditasyon grubundaki kişiler müzik grubuna göre belirgin seviyede daha az ağrı duyduklarını söylemişler.

Çalışma grubu bu ucuz ve kolay yöntemi çok merkezli şekilde büyüterek bulguların farklı uygulamalardaki etkilerini araştırmayı planlıyor.

Literatür talep et

Referanslar :

 Mary Scott Soo, et al. Imaging-Guided Core-Needle Breast Biopsy: Impact of Meditation and Music Interventions on Patient Anxiety, Pain, and Fatigue. Journal of the American College of Radiology, 2016; DOI: 10.1016/j.jacr.2015.12.004

Kanser Immunolojisi ve Biyobelirteçler

28 Ocak 2016

Kanser tedavisinde geçmişte herhangi bir seçici özelliği olmayan kimyasal kemoterapi ilaçları kullanılmaktayken bunların yerini artık hedefe yönelik olarak kullanılan ilaçlar almaya başladı. Kimyasal ilaç üretimi yerini biyolojik ilaç üretimine bıraktı. Son yıllarda ise kanser immunoterapisi ve özellikle de immün kontrol noktası inhibitörlerinin önemi artmaya ve bu konuda çok sayıda çalışma yapılmaya başlandı.

Bu tarz hedefe yönelik ilaçların daha etkili kullanılabilmesi, hasta seçiminde çok önemli rolü olan biyobelirteçlerin geliştirilmesi ile mümkün olmaktadır.

İmmun kontrol noktası inhibitörleri arasında özellikle programlı ölüm 1 (PD-1) ve programlı ölüm ligandı 1 (PD-L1) ön plana çıktı ve bunların inhibisyonu ile çok sayıda kanser türünde başarılı sonuçlar alınabileceği ortaya atıldı. Ancak yapılan çalışmalarda bu noktaları inhibe etmenin her ne kadar faydalı sonuçlar oluşturduğu gösterilse de bu etki tüm popülasyonda homojen olarak görülmüyor.

PD-1 ve PD-L1 inhibitörleri ile yapılan çeşitli klinik çalışmalarda görüldü ki prediktif bir biyobelirteç belirlenmesine ihtiyaç duyulmaktadır. İmmunohistokimya ile PD-L1 ekspresyonu tespit edilen hastalarda daha yüksek yanıt oranları ve sağ kalım sürelerinin elde edildiği gösterildi. Bu sebeple bu testin doğru hasta popülasyonu seçiminde kullanılması gerektiği önerilmeye başlandı.

Ancak unutulmaması gereken noktalardan biri mevcut testler arasında değerlendirme yapıldığında metodoloji açısından ve PD-L1 ekspresyonu açısından bir heterojenite olduğu görülüyor. Bu da bu biyobelirteçin daha da geliştirilmesi gerektiğini gösteriyor.

Sonuç olarak PD-1 ve PD-L1 hedeflenmesi gereken önemli immün kontrol noktaları olmasına rağmen uygun hastalarda daha iyi tedavi sonuçlarına ulaşmak kaliteli biyobelirteçlerle mümkün olabilecektir. Mevcutta kullanılmakta olan immunohistokimyasal yöntemler seçici olsa da daha iyisi hedeflenmelidir.

Literatür talep et

Referanslar :

 Adam J. et al. [PD-L1 expression: An emerging biomarker in non-small cell lung cancer] Ann Pathol. 2016 Jan 14. pii: S0242-6498(15)00221-7

Gastrik lezyonları olan hastalarda mide kanseri riski daha mı yüksek?

30 Temmuz 2015

​Prekanseröz gastrik lezyonları olan hastalarda, lezyon kötüleştikçe mide kanseri riski artar. İsveç'te yapılan bir çalışmada, araştırmacılar bağırsak mukozasında küçük değişiklikler olan hastalarda 20 yıl sonra mide kanseri gelişme riskinin, sağlıklı bağırsak dokusuna sahip kişilere kıyasla 1.8 kat daha fazla olduğunu saptadılar; displazileri olan hastalarda ise risk neredeyse 11 kat artmıştı.

Gastrik prekanseröz lezyonları olan hastalarda, mide kanseri insidansını belirlemek için yapılan çalışmada, İsveç ulusal kayıtlarından 1979-2011 yılları arasında gastrik biyopsi uygulanan 405.211 hastanın verileri kullanıldı. Araştırmacılar bu zaman aralığında tanı konmuş 1599 mide kanseri vakası tespit etti.

Araştırmacılar 20 yıllık takip süresince, mide kanseri gelişme riskinin sağlıklı mukozası olan kişiler için 1/256, gastriti olan hastalar için 1/85, atrofik gastriti olan hastalar için 1/50, intestinal metaplazisi olan hastalar için 1/39 ve displazisi olan hastalar için 1/19 olarak hesapladılar.

Dr. Ye, bir hastada mide kanseri gelişme olasılığına dair daha eksiksiz bir tablo ortaya koymak için sonraki adımın prekanseröz lezyonun evrelenmesinin yanı sıra, biyobelirteçlerin dahil edilmesi olduğunun altını çizdi. Bu biyobelirteçlerden biri hastanın enfekte odluğu Helicobacter pylori alt tipini belirlemek üzere genom analizidir, diğeri ise tümörün mutasyon profilini belirlemektir. Dr. Ye, aile öyküsü, sigara kullanımı gibi risk faktörlerinin sorgulanmasının önemli olduğunu fakat bu klasik yaklaşımın yansıra iki biyobelirtecin de araştırılmasının önemli olduğunu vurguladı.

Literatür talep et

Referanslar :

Kaynak:  Medscape, http://www.medscape.com/viewarticle/848858

Basit bir test kolonoskopinin tekrarlanması gereksinimini öngörmeye yardımcı olabilir

06 Temmuz 2015

Lüksemburg'da yapılan bir çalışmada, araştırmacılar genetik biyobelirteçleri içeren basit bir panelin, tarama kolonoskopisinden sonra kolorektal kanser gelişimi yönünden yüksek ve düşük risk taşıyan hastaları saptayabileceğini ve taramanın tekrarlanması gereken kişileri tespit edebileceğini saptadı.

17. Dünya Gastrointestinal Kanser Kongresi'nde (WCGC) çalışma verilerini sunan araştırmacılar, sekiz adet genetik biyobelirteçten oluşan bir panelin kolorektal kanser riski taşıyan hastaları yüksek duyarlılık ve spesifite ile saptayabileceğini söyledi.

Çalışmanın yürütücüsü olan Dr. Mario Dicato, kanserli hastalarda bu biyobelirteçlerin belirgin bir paterni olduğunu ancak uzun süren bir klinik çalışmadan kimlerin kansere yakalanacağını öngörmenin zor olduğunu, yalancı pozitif ve yalancı negatiflerin durumu karmaşıklaştıracağını, tüm biyobelirteçlerin kullanımı ile yanlış öngörülerde bulunulabileceğini söyledi. Dr. Dicato hastaya 'kolonoskopi yaptırmanız gerekiyor' demekle 'kolonoskopi yaptırmamalısınız' demenin benzer biçimde riskli olduğuna dikkat çekti. Kolonoskopi yapılan sağlıklı popülasyonda çalışma yapmanın faydalı olacağını belirten Dr. Dicato, sağlıklı popülasyonda da kansere yakalanacak olan kişilerin olacağını, kolonoskopinin tam da bu nedenle yapılması gerektiğini düşündüğünü belirtti. Kolonoskopi yapılan sağlıklı bir kişinin 10 yıl sonra tekrar çağrılması gerektiğini belirten Dr. Dicato, bu test kanser riski yüksek kişileri tespit ettiği için, risk saptanan kişilerin 10 yıl yerine 3-5 yıl daha erken kolonoskopi yaptırmalarının doğru olacağını söyledi.

İndeksin Geliştirilmesi

Araştırmacılar ilk olarak 185 kolorektal kanserli hastadan oluşan hasta grubunu ve 93 kişiden oluşan kontrolü grubunu karşılaştırdı ve kolorektal kanser ile TGFBR1, GSTT1,  INSR,  telRNA, LRRC1, GSTM1,CHR8 ve FOXO1 genlerinde tek nükleotid polimorfizmlerini veya delesyonlarını saptadılar. Araştırmacılar ayrıca fonksiyon analizini kullanarak tüm testlerden elde edilen verileri bir araya getirdiler, hastalar ile kontrol grubu arasında en iyi ayrımı sağlayan tek bir indeks oluşturdular. Bu indekse dayanarak, erken kanser tanısı için gelecekte tekrar kolonoskopi yapılması gereken hastalar için düşük risk ve yüksek risk profillerini ve yalancı pozitiflerin veya negatiflerin maliyeti bakımından testin optimum ekonomik performansını belirlemek için eşik değerleri tanımladılar.

Araştırmacılar indekse dahil edilen genetik varyasyonların sayısının arttırılmasının hangi hastaların tekrar kolonoskopi yaptırmaları gerekeceğini belirlemede indeksin duyarlılık ve spesifikliğini arttırdığını saptadılar. Örneğin, sekiz markerin hepsi kullanıldığında indeksin duyarlılığı ve spesifitesi sırasıyla %74.6 ve %77.4 idi. Ancak sadece üç varyant kullanıldığında (TGFBR1GSTT1 ve INSR) karşılık gelen yüzdeler sırasıyla %70.3 ve %67.7 idi.

Araştırmacılar testin maliyetinin panele dahil edilen biyomarkerlerin sayısına ve seçilen spesifik biyomarkerlere bağlı olarak değiştiğini,  kolonoskopiye kıyasla çok daha ekonomik olduğunu belirttiler. Ayrıca testin kolonoskopi yapılamayacak kadar küçük yaşta olanlar dahil her yaşta hastaya yapılabileceği bildirildi.

Almanya Tümör Biyolojisi Kliniği, Tıbbi Onkoloji Departmanı direktörü Dr. Dirk Arnold çalışmanın "güzel bir çalışma olduğunu" söyledi, çalışmanın tarama kolonoskopisi için risk taşımayan hastalarda kolonoskopinin önüne geçilmesini, kolon kanseri riski taşıyan hastalarda ise tarama kolonoskopisini yoğunlaştırmasını savunduğunu belirtti. Dr. Arnold, bu testin hangi hastanın kolon kanseri gelişimi yönünde risk taşıdığını yüksek düzeyde öngörebildiğine dikkat çekti.

Literatür talep et

Referanslar :

Kaynak:  Medscape, http://www.medscape.com/viewarticle/847467

Derinin bazal hücre karsinomunda tümör başlangıcını ve invazyonunu düzenleyen yeni mekanizmalar

23 Haziran 2015

Université Libre de Bruxelles'den (ULB) araştırmacılar derinin bazal hücre karsinomunda tümör başlangıcını ve invazyonunu düzenleyen yeni bir mekanizmayı ortaya çıkardı.

Bazal hücre karsinomu (BCC), her yıl tüm dünyada birkaç milyon yeni hastayı etkileyen ve insanlarda en sık görülen kanser olmakla birlikte başlangıcını ve invazyonunu kontrol eden mekanizmalar çok az biliniyor.

Belçika, Université Libre de Bruxelles, IRIBHM'de profesör ve WELBIO araştırmacısı olan Dr. Pr. Cédric Blanpain, PhD yönetimindeki araştırmacıların Cell Stem Cell dergisinde yayınladıkları yeni bir çalışmada, Sox9'un tümör başlatıcı hücrelerin yayılmasını ve kanser hücrelerinin invazif özelliklerini düzenleyerek deri kanseri oluşumunu doğrudan kontrol ettiğini bildirdi.

Profesör Véronique Del Marmol (ULB,  Erasmus Hastanesi, Dermatoloji Departmanı) ve Profesör François Fuks'un grubuyla (ULB, Tıp Fakültesi, Kanser Epigenetiği Laboratuvarı) birlikte çalışarak Larsimont ve meslektaşları, normal deri hücrelerinde Sox9 ekspresyonu gerçekleşmezken, prekanseröz lezyonlarda Sox9 ekspresyonunun başladığını ve invazif tümörlerde devam ettiğini gösterdi. Sox9'un tümörigenez sırasındaki önemli rolünü gösteren şekilde, Sox9 delesyonu deri kanseri oluşumunu önleyip onkogen eksprese eden hücrelerin progresif biçimde kaybolmasına yol açtı. Bu çalışmanın birinci yazarı olan Jean-Christophe Larsimont yalnızca tek bir genin delesyonunun tümör oluşumunu tamamen önlemek için yeterli olduğunu görmenin gerçekten heyecan verici olduğunu ve Sox9 yokluğunda prekanseröz hücrelerin zaman içinde kaybolduğunu gözlemenin ise daha da şaşırtıcıydı olduğunu belirtti. Ayrıca bu bulgunun onkogen eksprese eden hücreleri kanser oluşmadan önce ortadan kaldırabileceğini gösterdiği yorumunu yaptı.

Bu sonuçların insanlarda en sık rastlanan kanserde tümör oluşumu ve invazyonunu bloke etmeye yönelik yepyeni stratejilerin geliştirilmesinde önemli yansımaları olacaktır. Bu çalışmanın son yazarı ve iletişim sorumlusu olan Cédric Blanpain insan kanserlerinin çoğunda Sox9 ekspresyonu gerçekleştiği dikkate alındığında, bu çalışmanın sonuçlarının insanlardaki diğer kanserler için de anlamlı olmasının muhtemel olduğunu ve kanser oluşumunun önlenmesi ve tümör invazyonunun engellenmesine yönelik yeni stratejilerin tanımlanmasına yardım edeceği yorumunu yaptı.

Literatür talep et

Referanslar :

Kaynak:  Science Daily, ​http://www.sciencedaily.com/releases/2015/06/150623103654.htm

Telomer biyobelirteci, kanseri yıllar öncesinden haber veren bir kan testinin geliştirilmesini sağlayabilir

01 Mayıs 2015

Telomerler, kromozomların uçlarında bulunan ve onların yıpranıp bütünlüklerini kaybetmelerini önleyen DNA dizileridir ve DNA'nın çözülmesini durdurarak onun bütünlüğünü korumaya yardımcı olurlar. Yaşlandıkça telomerler giderek kısalır ve yetişkin çağa geldiğimizde uzunlukları doğumdaki uzunluklarına kıyasla yarı yarıya daha kısadır; yaşlılık çağına girildiğinde ise uzunlukları bir kez daha yarıya iner. Bilim adamları kandaki telomerlerin biyolojik yaşın bir belirteci olduğunu düşünmekte, ancak kanser gelişen insanlarda nasıl bir değişikliğe uğradıklarını da halen incelemektedirler.

Yayınlanan yeni bir çalışmada araştırmacılar, 792 kişide telomer uzunluğunu 13 yıllık dönemde birkaç kez ölçmüştür. Katılımcıların 135'inde sonradan lösemi ile prostat, deri ve akciğer kanseri dahil çeşitli kanserler gelişmiştir. Sonradan kanser tanısı konan katılımcıların telomerleri ilk birkaç yıl içinde çok daha hızlı yaşlanmış ve telomerlerinin kanser gelişmeyen katılımcılara kıyasla 15 yaş kadar daha yaşlı olduğu görülmüştür.

Literatür talep et

Referanslar :

Kaynak : Medical News Today, http://www.medicalnewstoday.com/articles/293339.php

E-Posta ve şifrenizi girerek
medikal referans noktanıza ulaşabilirsiniz.

GİRİŞ YAP

Yeni hesap oluştururken vereceğiniz bilgiler, cegedim tarafından onaylanacak
ve siteye tam üyeliğiniz bu onaydan sonra sağlanacaktır.

* Tüm alanları doldurmak zorunludur.

Loading Image