Kanser Konsorsiyumu Için Varyant Yorumu’ndan Uyum Standartları

Günümüzde klinik gen dizilimi yaygın kullanılan bir yöntemdir. Genom analistleri ve moleküler patologlar çok sayıda tümör varyantının klinik önemini yorumlamak için oldukça zorlayıcı bir manuel süreçle görevlendirilirler. Bu manuel yükü azaltmak için çok sayıda bağımsız bilgi tabanı oluşturulmuş olsa da bu veri tabanları uyumsuzdur. Sonuç olarak kullanılan her bilgi tabanı için analist, o kaynağa özgü nüansları anlamalı ve klinik raporu oluştururken kanıtlarını buna göre entegre etmelidir ancak kaçırılan her bir bilgi tabanı kaçırılan klinik bulgu riski anlamına gelir.

Yapılan araştırmada AACR Projesi GENIE kohortundan alınan tümör örneklerinin uyumlu birlikteliklerle eşleşme sıklığı analiz edildi. Kategorize edilmiş varyantları tanımlayan bölgelere daha geniş eşleme yapıldığında varyant eşleşmeleri önemli ölçüde (%57'den %86'ya) yükseldiği saptandı.

Belirtilen alternatif alellere sahip kesin dizi varyantlarının aksine, kategorik varyantlar, ortak bir özelliğe sahip potansiyel varyantların bir koleksiyonunu tanımlar. Örneğin; "V600" (600 kalıntıdaki valin olmayan aleller), "Ekson 20 mutasyonları" (tüm sessiz sessiz mutasyonlar) ekson 20) veya "fonksiyon kazancı" (gen aktivitesini aktive eden veya arttıran hipermorfik değişiklikler). Bununla birlikte, gözlemlenen dizi varyantlarının kategorik varyantlarla eşleştirilmesi zordur çünkü ardından gelen, tipik olarak sadece yapılandırılmamış metin olarak tarif edilir. GA4GH Varyasyon Temsili spesifikasyonu, yaygın, kesin varyasyon formları (örn. SNV ve Indels) ve tanımlayıcıları hesaplama yöntemi için bu nesnelerden bir şema sağlar. Bu standartlar ve araçlar ücretsiz, açık kaynaklıdır ve genişletilebilir, standartlaştırılmış varyant bilgi paylaşımı önündeki engelleri aşmaktadır.