Kanserle İlişkili Gen Mutasyonu ve Kopya Sayısı Tespiti için Hedefe Yönelik Yeni Nesil Dizileme

Akciğer kanseri, Çin'de ve tüm dünyada erkeklerde ve kadınlarda önde gelen ölümcül malignite haline gelmiştir. Mortalitesi yüksek küçük hücreli dışı akciğer kanseri (KHDAK) olguların en az %85'ini oluşturur. KHDAK olgularında 1 yıldaki ölüm oranı %50'den fazla olup, 5 yıllık sağkalım %18'den azdır. KHDAK yeni hedefe yönelik ilaç araştırmalarının ihtiyaç duyulduğu bir alan olup, genetik düzeyde temel mekanizmasının analizi yeni tedavi hedefleri bulmak için ipuçları sağlayabilir.

Yeni nesil dizileme (NGS), genetik özelliklerin tanımlanmasında yaygın olarak kullanılan bir yaklaşımdır. Birden fazla genetik varyasyonu saptamak için verimli ve ekonomik bir yöntemdir. Hedefe yönelik dizileme, akciğer kanserine neden olan genlerdeki varyasyonların tanımlanması için de kullanılır. Bu NGS verilerine dayanarak akciğer kanseri ile ilgili olarak bazı önemli genler saptanmıştır: tümör proteini P53 (TP53), fosfataz ve tensin homolog (PTEN), epidermal büyüme faktörü reseptörü (EGFR), KRAS protoonkojen, GTPaz (KRAS), nörofibromin 1 (NF1), ATM serin/treonin kinaz (ATM), fosfatidilinositol-4,5-bifosfat 3-kinaz katalitik alt birim alfa (PIK3CA) ve fibroblast büyüme faktörü reseptörü 4 (FGFR4). Bununla birlikte KHDAK tanısı ve tedavisi için büyük öneme sahip ilgili genleri içeren daha geniş bir panele ihtiyaç vardır.

Burada Çinli hastalardan alınan 206 örnekte somatik mutasyon saptanması amacıyla bir panel oluşturulmuştur. KHDAK ile ilgili mümkün olduğunca çok geni içermesi amacıyla oluşturulan panel, kanser riski ve klinikte yaygın olarak kullanılan kemoterapi ilaçlarının duyarlılığı ve yan etkileri ile ilişkili 565 genden oluşuyordu. Çalışmanın amacı ve beklentisi, Çinli KHDAK hastalarında tümörün genetik varyasyon özelliklerine genel bir bakış sunması ve bireyselleştirilmiş tedaviyi mümkün kılmak ve yeni terapötik hedefleri bulmak için ipuçları sağlamasıdır.

206 KHDAK hastasından cerrahi olarak çıkarılmış tümör dokuları veya venöz kan örnekleri alınmıştır. Genomik DNA, QIAGEN DNeasy Kan ve Doku Kiti kullanılarak dokulardan veya kandan izole edilmiştir.

Toplam 18,749 mutasyon saptanmıştır ve baskın mutasyon tipi yanlış anlamlı (missense) mutasyon (%85,3) olmuştur. Tek mutasyon varyasyon analizinde baskın baz mutasyonu pürin içermiş ve C > T/G > A en yaygın yer değiştirme tipi olmuştur. Sık mutasyon görülen ilk on gen aşağıdaki gibidir: TP53 (%47,6), EGFR (%41,7), CREBBP (%23,1), KMT2C (%16,9), MUC2 (%16,6), DNMT3A (%15,5), LRP1B (%15,5), MUC4 (%15,5), CDC27 (%15,2) ve KRAS (%12,8).

Tümör Mutasyon Yükü (TMB) klinik onkolojide immünoterapi biyolojik göstergesi olarak kabul edilmiştir. TMB ve KHDAK ilişkisini araştırmak amacıyla yapılan analizde, kadınlarda TMB erkeklere göre daha düşük bulunmuştur. TMB skuamöz karsinomda adenokarsinoma göre anlamlı derecede yüksek bulunmuştur. Yaş ile TMB arasında korelasyon bulunmamıştır.

KHDAK hastalarında en yaygın mutasyon görülen gen analizinde, EGFR mutasyonu olanlarda KRAS mutasyonu gözlenmemiştir.

Toplam 54 gende kopya sayısı delesyonu saptanmıştır. Kopya sayısı delesyonu en yüksek genler KDM6A, RBM10, TATA-box bağlayıcı protein ilişkili faktör 1 (TAF1), ARAF ve stromal antijen 2 (STAG2) olmuştur.

Sonuç olarak, Çinli KHDAK hastalarında en sık görülen gen mutasyonları yanlış anlamlı (missense) mutasyonlar ve en sık mutasyona uğrayan genler TP53, EGFR, CREBBP, KMT2C, MUC2 genleri olmuştur. Birkaç gen, kopya sayısı artışı ve kopya sayısı delesyonu sergilemiştir. Cinsiyet ve patolojik alt tipler arasında TMB farklılıkları olmakla birlikte, TMB yaş ile korelasyon göstermemiştir. Bulgular panelin, tümörün moleküler özelliklerinin tanınması için iyi bir yöntem olduğunu göstermektedir. Ayrıca, sonuçların KHDAK etiyolojisini yorumlamak ve ilaç hedefi taraması yapabilmek için ipuçları sağlaması beklenmektedir.