Kolorektal Kanserde Kandaki Tümör DNA’sı Üzerinden Genetik Değerlendirme

Kolorektal kanser dünya çapında en yaygın kanserlerden biridir. Küresel olarak 2012'de 1,4 milyon yeni vaka ve 693.900 ölüm yaşanmış ve gelişmekte olan ülkelerdeki insidans ve ölüm oranları artmıştır. Tanı anında, hastaların yaklaşık %20'sinde uzak metastatik hastalık vardır.

Onlarca yıldır KRK'nın sistemik tedavisinde ana etken madde olarak fluorourasil kullanılmıştır. İrinotekan ve oksaliplatinin yanı sıra, VEGF'yi (bevacizumab, aflibercept ve regorafenib) ve EGFR'yi (setuksimum ve panitumumab) hedef alan yeni geliştirilen inhibitörlerin eklenmesi, metastatik kolorektal kanserli hastaların sonuçlarını belirgin şekilde iyileştirmiştir. Bununla birlikte, prognoz halen zayıftır. Bu nedenle, kolorektal kanserin klinik olarak ilgili biyolojisini daha iyi anlamak için karşılanmamış bir ihtiyaç vardır. Kolorektal kanserin moleküler özellikleri, yeni nesil sekanslama (NGS) teknolojisindeki ilerlemeler nedeniyle daha iyi anlaşılmaktadır. Hastaları altta yatan moleküler özelliklerine göre kategorize etmek önerilmiştir ve şimdi klinikte tedaviyi yönlendirmek için rutin olarak birkaç genomik belirteç kullanılmaktadır. Genomik olarak yönlendirilmiş FDA onaylı tedavilere örnekler, mikro-uydu kararsızlığı-yüksek veya yüksek antikor için vahşi tip RAS ve pembrolizumab (anti-programlanmış hücre ölüm proteini 1 antikoru) olan hastalar arasında anti-EGFR ajanlarını (setuksimab ve panitumumab) içerir. Ek olarak, irinotekan ve setuksimab'a vemurafenib (BRAF inhibitörü) ilave edilmesi, BRAFV600 mutasyonlu kolorektal kanserli hastalar arasında daha iyi klinik sonuç göstermiştir.

Hedeflenen terapi yaklaşımlarındaki son ilerlemeye rağmen, hastaların %50'sinden fazlası yukarıda belirtilen rejimlere cevap vermemektedir ve hastalığın moleküler temellerinin daha iyi bir şekilde anlaşılması gerekmektedir. Genellikle arşiv örneklerinde yapılan doku bazlı genomik analizlerle ilgili zorluklardan bazıları, kanserin genomik manzarasının terapötik müdahaleden sonra değişebileceği ve sıralama sonuçlarının intra-intertumoral heterojenite ile karıştırılabileceği gerçeğini içerir. Tümör heterojenliğinin zorluklarının üstesinden gelmek ve zamanla ve terapötik basınç altında gerçekleşen klonal evrimin etkisini değerlendirmek için, dolaşımdaki tümör DNA'sı (ctDNA) çeşitli kanserlerde aktif olarak araştırılmaktadır.

Kolorektal kanserin ctDNA analizini kullanan çalışmalar, TP53, KRAS ve APC'nin en sık değiştirilen genler olduğunu ortaya koydu. Kolorektal kanserin moleküler biyolojisi hakkındaki anlayış genişlemesine rağmen kolorektal kanserli 94 hastaya yeni jenerasyon ctDNA dizisi (54-73 gen paneli) yapıldı. Hastaların çoğunda kan alımı sırasında metastatik veya tekrarlayan hastalık vardı. En sık görülen anormal genler TP53, KRAS ve APC idi. Doku ve kanın yeni nesil dizilimi arasındaki uyum, %63.2 (APC) ile %85.5 (BRAF) arasında değişmişti.

Kolorektal kanserli hastalar, heterojen ctDNA profillerine sahiptir ve çoğu potansiyel olarak harekete geçirilebilir ctDNA değişikliklerini barındırır. Eşleşen terapi, 6 ay veya daha uzun bir süre boyunca daha yüksek oranda stabil hastalık, kısmi cevap veya tam cevap ile ilişkilidir. Bu çalışmada, ctDNA'yı değerlendiren hedefe yönelik NGS kullanılarak, çoğunlukla ileri evre kolorektal kanserli 94 hastadaki genomik değişikliklerin biyolojik özellikleri ve klinik bağıntıları sunulmuştur.

Çalışmada genel olarak, hastaların %79'unda bir veya daha fazla ctDNA değişikliği vardı. En sık görülen değişiklikler TP53, ardından KRAS, APC, BRAF, PIK3CA ve EGFR genlerinde görülmüştür. Bu çalışmada tespit edilen APC değişikliklerinin daha önce bildirilenden daha az olduğu, diğer genomik değişikliklerin sıklığı önceki yayınlardakilerle uyumludur. Uyumluluk, sürücü veya trunkal gen değişiklikleri arasında ctDNA ve doku DNA arasında istatistiksel olarak anlamlıydı. Daha önce, ctDNA NGS'nin, verilerle uyumlu olan kolorektal kanserli hastalar arasında dijital damlacık polimeraz zincir reaksiyonu bazlı plazma ile tespit edilen BRAFV600E mutasyonunun yanı sıra doku için %100 duyarlılığa sahip olduğunu bildirdi. BRAFV600E'nin anti-EGFR ve BRAF karşıtı tedavilerin bir kombinasyonu ile hedeflenebileceğini göz önüne alarak, bu değişiklik için test yapmak önemlidir. Yüksek genel uyumluluğun bir kısmının olumsuz uyumluluktan kaynaklandığı belirtilmelidir. CtDNA'nın duyarlılığı, dokuda bulunan mutasyonların tespiti için değişkendir. Örneğin, doku APC pozitifliği olan hastaların saptanması için ctDNA'nın duyarlılığı %44.9; Doku BRAF pozitifliği olanların tespiti için ctDNA'nın duyarlılığı %80 bulunmuştur. APC değişikliklerini tespit etmek için görünen düşük kapasitenin, bu değişikliğin plazma izlemesi için etkileri olabilir.

Araştırmacılar, çalışmanın kısıtlamalarına rağmen kolorektal kanserli hastalarda ctDNA testinin klinik kullanımının derinlemesine araştırılmasını sağladığını savundular. Sonuç olarak, kandan türetilmiş ctDNA'da NGS uygulanmış, çoğunlukla ileri evre kolorektal kanserli 94 hastanın tümörü incelenmiştir. Hasta başına ortanca değişiklik sayısı üç bulunmuş ve her şeyden önemlisi, her hastanın benzersiz bir moleküler profile sahip olduğu görülmüştür. Dokudaki genel değişikliklerle uyum %63 ile %86 arasında değişmiştir. ctDNA ve doku arasındaki farklılıklar, tedaviden sonra ctDNA'daki dinamik değişiklikleri yansıtabilir. ctDNA birden fazla metastatik bölgeden dökülebilir veya doku ve ctDNA dizilimi arasındaki duyarlılıkta farklılıklar olabilir. %5'ten daha az ctDNA varlığı bağımsız olarak daha uzun sağkalım ile koreledir. Çalışmada hedefe yönelik tedavi alan hasta sayısı az olmasına rağmen bu, BRAFV600E'nin ötesindeki çoklu biyobelirteçlerde metastatik kolorektal kanserde ctDNA NGS'nin klinik kullanımının nesnel kanıtını gösteren ilk çalışmadır. Kolorektal kanserli hastalarda tedaviyi yönlendirmek için ctDNA'nın kullanıldığı daha ileri klinik araştırmalara ihtiyaç vardır.