Küçük Hücreli Dışı Akciğer Kanserinde Yeni Nesil Sekanslama Yöntemi

Yeni nesil sekanslama (NGS), genetik özelliklerin karakterizasyonunda yaygın biçimde kullanılan bir yaklaşımdır. Bir NGS platformu kullanılarak, birden fazla spesifik genomik bölge için tüm genom dizilimi, tüm ekzom dizilimi, tüm transkriptom dizilimi ve hedeflenen dizilim gerçekleştirilebilir. Çoklu genetik varyasyonları tespit etmek için yüksek verimli ve ekonomik bir yöntemdir. Birçok çalışmada, kolorektal kanser, mide kanseri ve meme kanseri gibi solid tümörlerde genetik varyasyonu, tümör mutasyon yükünü ve mikrosatellit instabilitesini analiz etmek için NGS kullanılmıştır. Hedef sıralama, akciğer kanserine neden olan genlerdeki varyasyonları tanımlamak için de kullanılır. Bu NGS verilerine göre, akciğer kanseri ile ilgili birkaç önemli gen tespit edildi, örneğin tümör protein P53 (TP53), fosfataz ve tensin homologu (FTEN), epidermal büyüme faktörü reseptörü (EGFR), KRAS proto-onkojen, GTPaz (KRAS), neurofibromin1 (NF1), ATM serine/treonin kinaz (ATM), fosfatidilinositol-4,5-bisfosfataz 3-kinaz katalitik alt birimi alfa (FİK3KA) ve fibroblast büyüme faktörü reseptör 4 (FGFR4). Ancak küçük hücreli olmayan akciğer kanserinin (KHDAK) genetik varyasyon bilgisi Çin popülasyonu ile sınırlı kalmaktadır ve var olan çalışmalar genlerin küçük bir bölümüne odaklanmıştır.

Bu çalışmada ise KHDAK'li 206 Çin’li hastada yeni nesil sekanslama kullanarak, bu genetik varyasyonun profillenmesi amaçlandı. Toplanan tümör dokuları veya tam kan örnekleri, somatik gen mutasyon taraması ve kopya numarası varyantlarının (KNV) tespiti için 565 tümörle ilişkili gen içeren tam eksom hedefli yeni nesil sekanslamaya tabi tutuldu. En sık mutasyona uğramış genlerin ve KNV’li genlerin potansiyel fonksiyonları, Gen Ontolojisi (GO) ve Kyoto genler ve Genomlar Ansiklopedisi (KGGA) analizleri ile tahmin edildi. Hedeflenen yeni nesil sekanslama kullanılarak %85.3'ü yanlış anlamlı (missense) mutasyonu olan toplam 18.749 mutasyon tespit edildi. Mutasyonlar arasında pirimidin ve pürin arasındaki dönüşümler baskındı ve C> T/G > A en yaygın ikame tipiydi. Tp53 (%47.6), EGFR (%41.7), CREBBP (%23.1), KMT2C (%16.9), MUC2 (%16.6), DNMT3A (%15.5), LRP1B (%15.5), MUC4 (%15.5), CDC27 (%15.2) ve KRAS (%12.8) yüksek frekansa sahip diğer mutasyonlardı. EGFR ve KRAS mutasyonları birbirini dışladı. Tümör mutasyon yükü, cinsiyete ve tümör tipine bağlı olarak farklılıklar gösterdi. KNV analizi; BCORL1 ve ARAF'ın en yüksek kopya numarası amplifikasyonuna sahipken, KDM6A ve RBM10'UN ise en yüksek kopya numara delesyonu olduğunu gösterdi. GO ve KGGA analizleri, KNV analizi, yüksek frekanslı mutasyonların ve KNV genlerinin tümörle ilişkili PI3K-Akt, FoxO ve RAS sinyal yolağında yoğunlaştığını göstermiştir. Kümülatif olarak, KHDAK'de yer alan somatik gen mutasyonları incelendi ve Çin popülasyonundaki klinik anlamı tahmin edilmeye çalışıldı. Bu bulgular KHDAK’ın etiyolojisi ve ilaç hedefi için ipuçları sağlayabilir.