Metastatik Kanserin Genomik Manzarası

Son on yılda, onkoloji, klinik genomiklerin hastalığın tanı ve tedavisine uygulanması için bir paragon işlevi görmüş olup akciğer kanseri ve melanom gibi bazı tümör tiplerinde, tekrarlayan hedeflenebilir mutasyonlar için tümörlerin profilini oluşturmak standart bir uygulama haline gelmiştir. Ayrıca, genomik olarak yönlendirilmiş klinik çalışmalar, paylaşılan genetik özelliklere sahip farklı tümör tipleri arasında onaylanmış ve araştırmaya yönelik moleküler hedefli tedavilerin etkinliğini değerlendirmeye başlamıştır. Moleküler patoloji tarihsel olarak tek bir numunede tek bir aleli sorgulamak için düşük verimli yaklaşımlara dayanmakla birlikte, büyük ölçüde paralel yeni nesil sekanslamanın (NGS), tanısal testin içeriğinde ve çıktısında dramatik bir genişleme sağlamış olduğu gözlemlenmiştir. Klinik laboratuarlar, hedeflenen hotspot panellerden kapsamlı genom ölçekli platformlara kadar değişen NGS testlerini giderek geliştirmekte ve kullanılmaktadır.

Bununla birlikte araştırmacılar, klinik NGS testi karmaşıklığının, birçok laboratuarın, geniş hasta popülasyonları tümör genomik profillemesinin faydalarını en üst düzeye çıkarmak için yeterince büyük ölçekli uygulama elde etmesini engellediğini ifade etmişlerdir. Ayrıca araştırmacılar, mutasyonel profilden yararlanma olasılığı en yüksek olan ileri metastatik kanserli hastalarda gözlenen genomik değişikliklerin doğasının, Kanser Genom Atlası (TCGA) dahil araştırma girişimleri yoluyla birincil tedavi edilmemiş kanserlerde karakterize edilenlerden önemli ölçüde farklı olabileceğini belirtmişlerdir Son olarak mutasyon profillemenin gerçek klinik faydası belirsizliğini korumakta olup moleküler sonuçların farklı klinik bağlamlarda terapötik kararları ne derece etkilediğini dikkatle değerlendirmeyi gerektirmektedir.

Eşleştirilmiş tümör-normal çiftlerinin büyük ölçekli prospektif klinik sekanslanmasının fizibilitesi

Yapılan bu çalışmada araştırmacılar Memorial Sloan Kettering Kanser Merkezi'nde, 341 kansere bağlı genlerde tüm protein kodlama mutasyonlarını, kopya sayısı değişikliklerini, seçilen promotör mutasyonlarını ve yapısal yeniden düzenlemeleri tespit edebilen hibridizasyon yakalama tabanlı bir NGS paneli olan MSK-IMPACT'i geliştirdiklerini ve uyguladıklarını bildirmişlerdir. Araştırmacılar CLIA uyumlu Moleküler Teşhis Servisi laboratuvarlarında MSK-IMPACT kurduktan sonra, çok sayıda katı tümör tipini kapsayan 10.000'den fazla kanser hastasından prospektif olarak dizilenmiş tümörlere sahip olduklarını ifade etmişlerdir. Sürecin önemli bir özelliği, dizilenen her tümör için kesin somatik (yani tümöre özgü) mutasyonların kapsamlı bir kataloğunu derlemeyi sağlayan hasta uyumlu normal kontrollerin kullanılmasıdır. Araştırmacılar bu çabalarla, ilişkili patolojik ve klinik verileri olan ileri kanser hastalarından eşleşmiş tümör ve normal DNA dizisi benzeri olmayan bir veri kümesi ürettiklerini ve burada klinik tedaviye rehberlik etmek için eşleştirilmiş tümör-normal çiftlerinin büyük ölçekli prospektif klinik sekanslanmasının fizibilitesini ve faydasını gösterdiklerini belirtmişlerdir.

Yapılan çalışmada 10.945 tümörlü veri seti kullanılarak, klinik uygulamada karşılaşıldığı gibi metastatik kanserin genomik manzarasını araştırılmış olup eyleme geçirilebilen mutasyonların prevalansı ve hastaları moleküler hedefli tedaviyle eşleştirme yeteneği ile klinik yarar analizi gerçekleştirildiği bildirilmiştir. Biyobelirteç keşfini, moleküler tabanlı klinik çalışmaların geliştirilmesini ve diğer genomik profilleme çabalarıyla entegrasyonu kolaylaştırmak için, terapötik olarak hedeflenebilen genler ve yolaklardaki genomik değişikliklerin tanımlanmasını mümkün kılan onkolojinin temel bir birleşeni olan cBioPortal for Cancer Genomics Tumor moleküler profilindeki tüm veri kümeleri herkese açık hale getirilmiştir. Farklı histolojik olarak tanımlanmış tümör tiplerinde tekrarlayan hedeflenebilir değişikliklerin varlığı, genişleyen moleküler hedefli terapiler portföyü ile birleştiğinde, tüm kanser spektrumları boyunca klinik olarak ilgili genlerin profilini oluşturmak için esnek ve kapsamlı yaklaşımlar gerektirmektedir.