SARS-CoV-2 Alpha, Delta ve Epsilon Varyantlarında Bulaşıcı Virüsün Nicel Ölçümü ile Varyantların Yüksek Bulaşıcılığı

Birden fazla etkili aşının hızla gelişmesine rağmen, genetik olarak farklı viral soyların ortaya çıkması, sürmekte olan COVID-19 pandemisinin kontrolünü zorlaştırmaktadır.

Viral polimeraz tarafından oluşturulan mutasyonların bir sonucu olarak viral genomdaki değişiklikler, bulaşma ve çoğalma yeteneği artmış viral varyantların ortaya çıkmasına yol açabilir ve/veya mevcut aşıların etkinliğini değiştirebilir.

2020 sonbaharında, Alpha (B.1.1.7) varyantı Birleşik Krallık'ta ortaya çıkmıştır. 2020'nin Kasım ayı sonlarında Epsilon (B.1.429) /B.1.427) varyantı Amerika Birleşik Devletleri'nde ve Delta (B.1.617.2) varyantı 2021 baharında Hindistan'da saptanmıştır. Şu anda küresel olarak olguların yaklaşık %90'ını oluşturan Delta varyantı pandeminin baskın virüsü olarak görünmektedir. Delta varyantının bulaşıcılığının fazla olması en azından kısmen furin bölünme bölgesinde virüsü daha verimli hale getiren mutasyonların sağladığı artan viral kazanımlardır. Ayrıca, Delta ile enfekte olmuş insanlardan alınan örneklerdeki viral RNA düzeyinin önceki varyantlardan daha yüksek olduğu bildirilmektedir. Özellikle endişe verici olan, enfekte olmuş kişilerin üst solunum yolu örneklerindeki RNA düzeylerinin aşılı ve aşısız bireylerde benzer olmasıdır.

Artan genomik izlem birçok coğrafi bölgede neredeyse gerçek zamanlı olarak viral soyların saptanmasına olanak sağlarken, viral bulaşta gözlenen artışlardan hangi mutasyonların sorumlu olduğunu daha iyi anlamak için bu varyantların biyolojik özellikleri hakkında daha fazla araştırma yapılması gerekmektedir.

Virüsün enfektivitesini yorumlamanın bir zorluğu, viral RNA düzeylerinin (SARS-CoV-2 tanısı için kullanılan klinik örneklerde ters transkriptaz kantitatif polimeraz zincir reaksiyonu [RT-PCR] ile ölçülür) yaygın olarak viral yük ölçümü olarak kullanılmasıdır. RNA ile bulaşıcı virüs düzeyi arasında bir ilişki olduğunu varsaymak mantıklı olsa da bunun tüm senaryolarda sabit bir oranı olması pek mümkün değildir.

SARS-CoV-2 klinik örneklerinin enfeksiyöz viral titresini ve çoğalan virüs ile viral RNA arasındaki ilişkiyi ölçmek için, Alfa, Epsilon veya Delta varyantları içeren virüse ait 165 SARS-CoV-2 pozitif örnekten oluşan bir set üzerinde viral odak testleri ve RT-qPCR gerçekleştirilmiştir.

Beklendiği gibi, her üç varyant için viral E geni RNA miktarı ile bulaşıcı virüs düzeyi arasında pozitif bir korelasyon gözlenmiştir. Bu hem toplam RNA hem de E subgenomik RNA düzeyleri için geçerlidir. Bireysel örnekler için RNA ile bulaşıcı virüs oranlarındaki değişkenliğe rağmen, incelenen üç varyant arasında virüsün enfektivite derecesinde farklı eğilimler gözlenmiştir. Hem Epsilon hem de Delta Alfa'dan önemli ölçüde daha yüksek enfektivite derecesine sahiptir. Aynı miktardaki RNA ile Delta ve Epsilon SARS-CoV-2 varyantlarının Alpha'dan sırasıyla 5,9 ve 4,3 kat daha bulaşıcı virüse sahip olduğunu saptanmıştır. Enfeksiyöz virüsü subgenomik E RNA düzeyleriyle karşılaştırırken benzer bir eğilim gözlenmiştir. Subgenomik RNA, bulaşıcı virüsün spesifik bir belirteci olarak önerilmiş olsa da örnek setimiz için sgE RNA'nın bulaşıcı virüse oranında geniş bir aralık gözlenmiştir. Bildirilen önceki kanıtlarla uyumlu olarak RNA düzeylerinin virüsün aktif olarak kopyalandığının göstergesi olması gerekmediği düşünülmüştür.

Delta varyantı için bildirilen daha yüksek viral RNA düzeylerine ek olarak, Alfa varyantına kıyasla enfektivite de artmaktadır.

Canlı virüs ve viral RNA arasındaki ilişkinin ölçülmesi, yeni SARS-CoV-2 varyantlarının enfektivitesinin değerlendirilmesinde önemli bir adımdır. Delta varyantının bulaşıcılığında artış olması virüsün yayılmasındaki artışı açıklayabilir ve viral bulaşmayı önlemek için daha fazla önlem alınması gerektiğini düşündürür.