Yeni Nesil Dizileme Sonuçlarında Klinik Olarak Önemli Varyantların Yorumlanmasında Somatik Onkoloji Veri Tabanı Değerlendirilmesi

2017'de yapılan bir ankette, Amerika Birleşik Devletleri'ndeki 1281 onkoloğun dörtte üçünün önceki yıl yeni nesil dizileme (NGS) testini kullandığı saptanmıştır. NGS testleri, Gıda ve İlaç Dairesi (FDA) onaylı tedavilerle tedavi seçiminin ve klinik çalışma uygunluğunun değerlendirilmesi için istenmiştir, ancak ankete katılan onkologların yarısı NGS sonuçlarının genellikle veya bazen yorumlanmasının zor olduğunu belirtmiştir.

Tümör moleküler profillemesinin artarak benimsenmesi klinik laboratuvarlarda NGS sonuçlarının modern bir şekilde yorumlanması ihtiyacını arttırmıştır. Varyant yorumlamaya yardımcı olması için birçok kaynağa başvurulabilir olsa da hassas onkoloji için kamuya açık veri kaynakları içeriği kısmen örtüşmektedir ve birden çok veri tabanından gelen bilgilerin harmanlanması her bir varyantın kapsamlı değerlendirmesi için çok önemlidir. Bu durum genomik olarak yönlendirilen tedavi için geniş ve değişen bir bilgi birikiminin klinik iş akışına dahil edilmesini kolaylaştırmak için klinik karar desteği (CDS) için bir fırsattır.

Bu çalışma, somatik onkoloji NGS testlerinde saptanan klinik varyantların yorumlanmasına yardımcı olan bulut tabanlı NAVIFY Mutation Profiler yazılımının doğruluğunu değerlendirmiştir. Bu araç, tıbbi kılavuzlardan, ilaç onaylarından ve hakemli literatürden elde edilen ve düzenli olarak güncellenen bir veri tabanından farklı klinik kanıt düzeylerine dayalı katmanlı sınıflandırmalar bildirir. Kemoterapi (n = 10), EGFR tirozin kinaz inhibitörü (TKI) (n = 5) veya ALK TKI (n = 22) ile tedavi edilen 37 akciğer kanseri olgusunun NGS sonuçları üzerinde retrospektif bir analiz yapılmıştır.

EGFR ve ALK TKI olgularında yazılım, uygun hedefe yönelik tedavileri ve ilaca dirençli varyantlarını da içeren varyant kombinasyonlarını ilişkilendirmiştir.

Crizotinibe direnç kazandıran dokuz benzersiz ALK mutasyonundan NAVIFY Mutation Profiler, tüm mutasyonlar için doğru açıklama sağlarken OncoKB ve Catalog of Somatic Mutations in Cancer yazılımları dokuz mutasyondan sekizini bildirmiştir. NAVIFY Mutation Profiler, farklı bölgeler için doğru hedefe yönelik tedaviler sunarken güncel bölgesel onay ve tıbbi kılavuzlarla uyumunu korumuştur.

Üç kurumda altı harici kullanıcıyla yapılan bir klinik kullanılabilirlik çalışmasında da NAVIFY Mutation Profiler yazılımının doğruluğu ve tekrarlanabilirliği test edilmiş ve yazılım ile moleküler genetik uzmanları arasında 486 varyantın kanıt durumu (Tier) atamalarında yüksek düzeyde uyum olduğunu gösterilmiştir.

NAVIFY Mutation Profiler ve CDS uygulamaları, klinik olarak anlamlı mutasyonları tanımlayarak ve klinik kanıtların desteklediği nitelikli tedavi seçeneklerini ilişkilendirerek NGS klinik raporlamasını basitleştirebilir.