Kanser Tedavisine Yön Veren Kapsamlı Bir Test

Solid tümörlerin tedavisi yıllar içinde evrim geçirerek gün geçtikçe daha hedefe yönelik hale gelmeye başladı. Bunun en önemli sebeplerinden birisi de gün geçtikçe daha fazla klinik olarak ilgili kanser genleri tanımlanmasından kaynaklanıyor.

Yeni genler tanımlandıkça yenilikçi tedaviler için de yeni hedefler oluşmakta ve toplumda göreceli olarak nadir görülen genlere yönelik bile oldukça etkili ilaçlar geliştirilmektedir. Ancak hastaları bu yenilikçi terapilerle eşleştirmek için kapsamlı tanısal yaklaşımlara ihtiyaç duyulmaktadır. Ancak, çoklu mekanizmalarla değiştirilen milyonlarca kanser genomunu sorgulayan analizlerin optimizasyon ve analitik validasyonu oldukça zordur.

ABD merkezli Foundation Medicine’de çalışmakta olan araştırmacılar yapmış oldukları çalışma ile, rutin formalinle sabitlenmiş ve parafine gömülü (FFPE) klinik örneklerden 287 kanserle ilgili gen üzerinde baz değişiklikleri, kısa insersiyonları ve delesyonları (indeller), kopya sayısı değişimlerini ve seçilmiş füzyonları karakterize etmek için büyük ölçüde paralel DNA sıralamasına dayanan bir testin duyarlılığını ve kullanılabilirliğini test ettiler.

Çalışmada elde ettikleri sonuçların validasyonu için mutant alel frekansı, indel uzunluğu ve kopya değişiminin boyutu dahil olmak üzere, doğruluğun anahtar belirleyicilerini modelleyen havuzlanmış hücre dizilerinin referans örnekleri ile pratik bir doğrulama stratejisi uyguladılar.

Duyarlılığı ve Özgüllüğü Oldukça Yüksek

Elde ettikleri sonuçlar testin oldukça duyarlı olduğunu gösteriyor. Test duyarlılığı, yüksek özgüllükte (pozitif prediktif değer>% 99), değişiklik türleri boyunca% 95-99 olmuştur. Belirlenmiş analizlerle karakterize edilen 249 FFPE kanser numunesini kullanılarak bu doğruluk onaylandı. Testin 2.221 klinik vakaya uygulanması sonucunda, tümörlerin% 76'sında klinik olarak aksiyon alınabilir değişiklikler olduğu görüldü. Bu oran mevcut tanısal testler ile tespit edilen aksiyon alınabilir değişikliklerin üç katına denk gelmektedir.

Elde edilen sonuçlar oldukça etkileyici. Yeni nesil sıralama teknolojisine dayanan bu tanısal yöntem sayesinde iğne biyopsileri de dahil olmak üzere, rutin FFPE klinik örneklerinde 287 kanser geninin tüm kodlayıcı ekzonları boyunca klinik olarak alakalı tüm genomik değişiklikleri doğru bir şekilde tespit etmiş oldular. Elde ettikleri sonuçları valide etmeyi de başardılar. Testin genel performansı da oldukça iyiydi. Hücre modellerinde, duyarlılık baz değişimleri için% 99, indeller için% 98 ve CNA'lar için ise >% 95 idi. Test günümüzde rutin klinik kullanıma girmiştir.